问题标签 [vmd]

我正在尝试做一个嵌套循环，但我收到错误消息“错误#args：应该是”for start test next command”。这是什么意思，有人可以帮我找出我的代码有什么问题吗?

注意：我在 Virtual Molecular Dynamics (VMD) 中运行代码，因此它包含一些特定于程序的术语，例如 resid 和 mol。请忽略那些。

我尝试运行以下 Tcl 脚本并得到错误：错误 # args: 应该是“set varName ?newValue?”

这是什么意思？

注意：该脚本包含特定于 VMD 程序的术语，例如 mol 和 resid。请无视他们。

谢谢

从源代码编译 VMD-1.92 时，编译插件部分会出现错误：

我已经安装了 tcl8.6。我已经用尽了所有方法来解决这个问题。有人可以请教。

谢谢

我有一个水箱中胶束的分子动力学轨迹。对于每一帧，我想获得胶束的质心 (COM) 并计算从 COM 到水箱侧面的水分子密度。有谁知道最好的方法是什么？我想知道是否有人以前处理过这样的问题。

谢谢萨德

我的问题很简单：我正在尝试编写一个 tcl 脚本来使用 $grofile 而不是每次我需要这个文件名时都编写。所以，我在 TkConsole 中所做的是：

而且，确实，我成功上传了文件。在脚本中我有相同的行，但仍然有这个错误：

错误 #args: 应该是“set varName ?newValue?”

无法读取“grofile”：没有这样的变量

我试图解决我的问题

我有这个错误，

无效的命令名称“./file.gro”

无法读取“grofile”：没有这样的变量

我也试过

我又遇到了第一个错误。

我还没有找到任何简单的方法来避免使用我要上传的文件的显式名称。似乎您只能使用最琐碎但乏味的方式：

等等等等...

你能帮我简单解释一下为什么在 TkConsole 中我可以上传文件并将其用作变量，而我不能在 tcl 脚本中使用吗？另外，如果您知道我的错误在哪里，我将不胜感激。

如果它是基本的，我很抱歉，但我找不到任何答案。谢谢。

我添加了我的脚本的头部：

已解决，感谢您的帮助。

需要一些帮助，因为我是新手。我的问题是，我们如何将 VMD 命令合并到 bash 脚本中。我试过这样做，但只要 VMD 完成，脚本就会停止。有什么建议吗？

例子：

谢谢

每当我从 UI VMD/NAMD 教程中的脚本运行该rmsd_residue_over_time函数时，它都会返回错误“未选择原子”。residue_rmsd.tcl具体来说，我在加载我的 psf 文件和我的 dcd 文件的 20000 帧后输入以下内容：

Main< (VMD) 80 % set sel_residue [atomselect top "protein and alpha"]
atomselect34
Main< (VMD) 81 % rmsd_residue_over_time top $sel_residue
计算帧 0 的 rmsd ...
测量 rmsd：未选择原子

要检查我是否选择了原子：

Main< (VMD) 82 % $sel_residue 获取索引
4 21 35 46 56 72 89 106 128 147 157 167 186 2012223 223 234 252 259 259 259 283 302 309 325 335 335 354 373 373 385 399 409 421 435 449 449 466 485 504 760 770 780 790 790 816 835 857 874 874 885 900 914 931 931 953 970 970 989 1008 1022 1041 1041 1053 1069 1069 1084 1103 1103 1127 1139 1139 1139 1149 1149 1161 1180 1518 1528 1547 1564 1585 1596 1608 1622 1636 1646 1663 1677 1699 1718 1737 1747 1764 1783 1790 1799 1811 1818 1825 1841 1855 1865 1885 1895 1919 1929 1948 1955 1967 1982 1996 2016 2040 2059 2071 2095 2109 2124 2135 2149 2168 2182 2196 2206 2227 2239 2246 2260 2272 2296 2308 2322 2336 2352 2364 2364 2388 2398 2398 2415 2425 2425 2442 2442 2475 2475 2499 2516 2535 2549 2549 2568 2568 2575 2592 2602 2602 2621 2621 26282817 2839 2846 2860 2874 2888 2895 2905 2915 2926 2945 2969 2979 2986 3007 3019 3033 3044 3068 3082 3098 3105 3117 3139 3153 3160 3171 3181 3193 3214 3221 3235 3249 3263 3275 3294 3304 3320 3339 3365 3380 3397 3404 3428 3440 3452 3471 3487 3506 3522 3536 3557 3577 3591 3610 3622 3639 3656 3670 3680 3695 3706 3730 3754 3766 3782 3801 3811 3822 3832 3842 3866 3885 3904 3914 39639

以前有没有其他人遇到过这个错误？

我正在尝试在我的 200 ps 模拟之上使用 VMD/NAMD 运行 1 ns 模拟，因此我将程序设置为以 1 的时间步长运行 800000。但是，第二天（大约需要 12 小时）它完成了，但我只有 ~16500 帧。有人知道为什么程序只收集了这么多帧吗？我在运行不同的模拟时遇到了类似的问题：我要求它运行的数量和我得到的帧数不一样。

在 VMD 中，我想使用绘图方法 CPK 加载每个新文件。由于某些技术原因，这似乎不是 .vmdrc 文件中的选项。

如何从 VMD 命令行执行此操作（以便我可以制作脚本）？或者是否有其他解决方案/解决方法/黑客可以使这项工作？

我最近从 Linux 转到了 Mac OS。我已经在这台新机器上安装了 vmd。当我键入以下内容时，vmd 只是加载而没有任何分子：

这个 *.gro 文件包含一个蛋白质分子。我想像在 Linux 中一样打开这个文件：

但它不起作用。通过 vmd 启动分子根本不起作用。我试图用谷歌搜索这个问题，但我找不到正确的答案。有没有人遇到同样的问题并且能够解决它？