vmd - VMD 中的默认表示/绘图方法

Question

在 VMD 中，我想使用绘图方法 CPK 加载每个新文件。由于某些技术原因，这似乎不是 .vmdrc 文件中的选项。

如何从 VMD 命令行执行此操作（以便我可以制作脚本）？或者是否有其他解决方案/解决方法/黑客可以使这项工作？

Answer 1

有几种方法可以实现您想要的：

(1) 将以下行放在 .vmdrc 的正确位置

    mol default style CPK

(2) 使用 VMD Preferences Panel（主窗口的 Extensions 菜单中的最后一项）生成符合您期望的 .vmdrc 文件。您要查找的设置位于“表示”选项卡中。

(3) 对于更高级的设置（即当 vmd 读取启动 .vmdrc 文件时应用于已加载的分子的默认设置），您可以使用以下内容（适用于我在 VMD 1.9.2 上）：

proc reset_viz {molid} {
  # operate only on existing molecules
  if {[lsearch [molinfo list] $molid] >= 0} {
    # delete all representations
    set numrep [molinfo $molid get numreps]
    for {set i 0} {$i < $numrep} {incr i} {
      mol delrep $i $molid
    }
    # add new representations
    mol representation CPK
    # add other representation stuff you want here
    mol addrep $molid
  } 
}

proc reset_viz_proxy {args} {
  foreach {fname molid rw} $args {}
  eval "after idle {reset_viz $molid}"
}

## put a trace on vmd_initialize_structure
trace variable vmd_initialize_structure w reset_viz_proxy

after idle {
  if { 1 } {
    foreach molid [molinfo list] {
      reset_viz $molid
    }
  }
}

这段代码改编自Axel Kohlmeyer 网站。

高温下，

Answer 2

我找到了一个方便的解决方案。补充.bashrc：

vmda () {
    echo -e "
    mol default style CPK
    user add key Control-w quit
    " > /tmp/vmdstartup
    echo "mol new $1" > /tmp/vmdcommand
    vmd -e /tmp/vmdcommand -startup /tmp/vmdstartup
}

看一个结构

vmda file.pdb

并Ctrl+w像其他窗口一样使用 关闭窗口（退出应用程序）。