在 VMD 中,我想使用绘图方法 CPK 加载每个新文件。由于某些技术原因,这似乎不是 .vmdrc 文件中的选项。
如何从 VMD 命令行执行此操作(以便我可以制作脚本)?或者是否有其他解决方案/解决方法/黑客可以使这项工作?
在 VMD 中,我想使用绘图方法 CPK 加载每个新文件。由于某些技术原因,这似乎不是 .vmdrc 文件中的选项。
如何从 VMD 命令行执行此操作(以便我可以制作脚本)?或者是否有其他解决方案/解决方法/黑客可以使这项工作?
有几种方法可以实现您想要的:
(1) 将以下行放在 .vmdrc 的正确位置
mol default style CPK
(2) 使用 VMD Preferences Panel(主窗口的 Extensions 菜单中的最后一项)生成符合您期望的 .vmdrc 文件。您要查找的设置位于“表示”选项卡中。
(3) 对于更高级的设置(即当 vmd 读取启动 .vmdrc 文件时应用于已加载的分子的默认设置),您可以使用以下内容(适用于我在 VMD 1.9.2 上):
proc reset_viz {molid} {
# operate only on existing molecules
if {[lsearch [molinfo list] $molid] >= 0} {
# delete all representations
set numrep [molinfo $molid get numreps]
for {set i 0} {$i < $numrep} {incr i} {
mol delrep $i $molid
}
# add new representations
mol representation CPK
# add other representation stuff you want here
mol addrep $molid
}
}
proc reset_viz_proxy {args} {
foreach {fname molid rw} $args {}
eval "after idle {reset_viz $molid}"
}
## put a trace on vmd_initialize_structure
trace variable vmd_initialize_structure w reset_viz_proxy
after idle {
if { 1 } {
foreach molid [molinfo list] {
reset_viz $molid
}
}
}
这段代码改编自Axel Kohlmeyer 网站。
高温下,
我找到了一个方便的解决方案。补充.bashrc
:
vmda () {
echo -e "
mol default style CPK
user add key Control-w quit
" > /tmp/vmdstartup
echo "mol new $1" > /tmp/vmdcommand
vmd -e /tmp/vmdcommand -startup /tmp/vmdstartup
}
看一个结构
vmda file.pdb
并Ctrl+w
像其他窗口一样使用 关闭窗口(退出应用程序)。