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我最近从 Linux 转到了 Mac OS。我已经在这台新机器上安装了 vmd。当我键入以下内容时,vmd 只是加载而没有任何分子:

vmd protein.gro

这个 *.gro 文件包含一个蛋白质分子。我想像在 Linux 中一样打开这个文件:

*applicationname filename*

但它不起作用。通过 vmd 启动分子根本不起作用。我试图用谷歌搜索这个问题,但我找不到正确的答案。有没有人遇到同样的问题并且能够解决它?

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我认为这取决于应用程序本身,但也许试试这个。首先,使用终端找到应用程序的安装位置,如下所示:

which vmd

你应该得到它的路径。然后使用这样的路径:

open -a /path/to/vmd --args someMolecule.gro
于 2017-04-08T09:48:38.110 回答
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vmd 是本机 Mac 应用程序吗?如果是这样,您应该可以使用open -a /path/to/vmd.app filename.

于 2017-04-08T01:37:26.203 回答
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可能有点晚了,但无论如何。您只需在 bash_profile 文件中添加一行。

bash_profile 文件位于:

/Users/user-name/.bash_profile

(请记住将用户名更改为您的真实用户名并注意文件名开头的点)

在 .bash_profile(或 .profile)文件中添加:

alias vmd='csh /Applications/VMD\ 1.9.3.app/Contents/MacOS/startup.command.csh'

(对于不同版本的 VMD,您需要将路径中的数字 (1.9.3) 更改为您的实际 VMD 版本)。保存并关闭。

在此之后,只需再次获取您的 .bash_profile(或 .profile)文件,以便将更改合并到您的 shell 中或打开一个新的终端窗口。

现在您可以输入:

vmd my-gro-file.gro

就像在 Linux 中一样。

于 2018-12-02T11:06:23.983 回答