linux - vmd 在 Mac OS X 的命令行参数中不使用文件名打开

Question

我最近从 Linux 转到了 Mac OS。我已经在这台新机器上安装了 vmd。当我键入以下内容时，vmd 只是加载而没有任何分子：

vmd protein.gro

这个 *.gro 文件包含一个蛋白质分子。我想像在 Linux 中一样打开这个文件：

*applicationname filename*

但它不起作用。通过 vmd 启动分子根本不起作用。我试图用谷歌搜索这个问题，但我找不到正确的答案。有没有人遇到同样的问题并且能够解决它？

Answer 1

我认为这取决于应用程序本身，但也许试试这个。首先，使用终端找到应用程序的安装位置，如下所示：

which vmd

你应该得到它的路径。然后使用这样的路径：

open -a /path/to/vmd --args someMolecule.gro

Answer 2

vmd 是本机 Mac 应用程序吗？如果是这样，您应该可以使用open -a /path/to/vmd.app filename.

Answer 3

可能有点晚了，但无论如何。您只需在 bash_profile 文件中添加一行。

bash_profile 文件位于：

/Users/user-name/.bash_profile

（请记住将用户名更改为您的真实用户名并注意文件名开头的点）

在 .bash_profile（或 .profile）文件中添加：

alias vmd='csh /Applications/VMD\ 1.9.3.app/Contents/MacOS/startup.command.csh'

（对于不同版本的 VMD，您需要将路径中的数字 (1.9.3) 更改为您的实际 VMD 版本）。保存并关闭。

在此之后，只需再次获取您的 .bash_profile（或 .profile）文件，以便将更改合并到您的 shell 中或打开一个新的终端窗口。

现在您可以输入：

vmd my-gro-file.gro

就像在 Linux 中一样。