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我有一个水箱中胶束的分子动力学轨迹。对于每一帧,我想获得胶束的质心 (COM) 并计算从 COM 到水箱侧面的水分子密度。有谁知道最好的方法是什么?我想知道是否有人以前处理过这样的问题。

谢谢萨德

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首先,这里写了很多有用的命令以及如何使用它们。

您应该选择您的脂质(我想胶束是由磷脂构建的)而不是按类型选择 - 脂质:

set sel1 [atomselect top "lipids"]

或通过 resname :

set sel1 [atomselect top resname DPC]

然后:

center_of_mass $sel1

计算从 COM 到水箱两侧的水分子密度

我不知道您到底在说什么-胶束内有一些水分子?还是水箱是离胶束一定距离内的水分子?请提供更多信息(最好是一些带有描述的系统图片)。

于 2016-03-29T15:27:39.873 回答