tcl - MD 轨迹上的径向密度分布

Question

我有一个水箱中胶束的分子动力学轨迹。对于每一帧，我想获得胶束的质心 (COM) 并计算从 COM 到水箱侧面的水分子密度。有谁知道最好的方法是什么？我想知道是否有人以前处理过这样的问题。

谢谢萨德

Answer 1

首先，这里写了很多有用的命令以及如何使用它们。

您应该选择您的脂质（我想胶束是由磷脂构建的）而不是按类型选择 - 脂质：

set sel1 [atomselect top "lipids"]

或通过 resname ：

set sel1 [atomselect top resname DPC]

然后：

center_of_mass $sel1

计算从 COM 到水箱两侧的水分子密度

我不知道您到底在说什么-胶束内有一些水分子？还是水箱是离胶束一定距离内的水分子？请提供更多信息（最好是一些带有描述的系统图片）。