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每当我从 UI VMD/NAMD 教程中的脚本运行该rmsd_residue_over_time函数时，它都会返回错误“未选择原子”。residue_rmsd.tcl具体来说，我在加载我的 psf 文件和我的 dcd 文件的 20000 帧后输入以下内容：

Main< (VMD) 80 % set sel_residue [atomselect top "protein and alpha"]
atomselect34
Main< (VMD) 81 % rmsd_residue_over_time top $sel_residue
计算帧 0 的 rmsd ...
测量 rmsd：未选择原子

要检查我是否选择了原子：

Main< (VMD) 82 % $sel_residue 获取索引
4 21 35 46 56 72 89 106 128 147 157 167 186 2012223 223 234 252 259 259 259 283 302 309 325 335 335 354 373 373 385 399 409 421 435 449 449 466 485 504 760 770 780 790 790 816 835 857 874 874 885 900 914 931 931 953 970 970 989 1008 1022 1041 1041 1053 1069 1069 1084 1103 1103 1127 1139 1139 1139 1149 1149 1161 1180 1518 1528 1547 1564 1585 1596 1608 1622 1636 1646 1663 1677 1699 1718 1737 1747 1764 1783 1790 1799 1811 1818 1825 1841 1855 1865 1885 1895 1919 1929 1948 1955 1967 1982 1996 2016 2040 2059 2071 2095 2109 2124 2135 2149 2168 2182 2196 2206 2227 2239 2246 2260 2272 2296 2308 2322 2336 2352 2364 2364 2388 2398 2398 2415 2425 2425 2442 2442 2475 2475 2499 2516 2535 2549 2549 2568 2568 2575 2592 2602 2602 2621 2621 26282817 2839 2846 2860 2874 2888 2895 2905 2915 2926 2945 2969 2979 2986 3007 3019 3033 3044 3068 3082 3098 3105 3117 3139 3153 3160 3171 3181 3193 3214 3221 3235 3249 3263 3275 3294 3304 3320 3339 3365 3380 3397 3404 3428 3440 3452 3471 3487 3506 3522 3536 3557 3577 3591 3610 3622 3639 3656 3670 3680 3695 3706 3730 3754 3766 3782 3801 3811 3822 3832 3842 3866 3885 3904 3914 39639

以前有没有其他人遇到过这个错误？

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已经晚了，但它可能对其他人有用：脚本中的rmsd_residue_over_time函数residue_rmsd.tcl包含以下几行：

set ref [atomselect $mol "chain U and resid $r and noh" frame 0]
set comp [atomselect $mol "chain U and resid $r and noh" frame $frame]

你的结构中很可能没有“链 U”。只需将链更改为适当的字母或一起删除链选择器。

于 2018-10-09T16:48:03.527 回答
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我本身无法解决这个问题，但是通过将 PDB 加载到 PSF 之上（伊利诺伊大学的教程没有具体说明），我能够让它正常运行。

于 2016-11-02T15:25:17.500 回答