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如何在 VMD 文本模式 (vmd shell) 中激活命令历史记录或自动完成功能

我在 Linux Ubuntu 中使用它，当我使用箭头键时，它会打印^[[A.

所以我的情况是，我的 2 个链（2 个蛋白质）来自同一个模拟，分别位于 2 个 DCD 文件中，每个文件有 2000 帧。我想将这 2 个 DCD 文件合并为包含两个链的单个 DCD 文件（总共有 2000 帧）。我知道这在 VMD 中是可能的。有人能帮我吗？

注意：我不是在谈论连接 DCD 文件（使用完成catdcd）

我想阅读 .xyz 文件，它看起来像....

我想在每个时间步计算每个粒子与其他粒子的距离。如何读取这个文件？

我正在尝试.crd从 Amber 加载文件，但这失败了，因为它不是 MDAnalysis 期望的格式（请参阅最后的错误）：

如果我可以使用 MDAnalysis 读取 Amber .crd 文件，我看到了这个线程以及我不想使用的这个库。

任何想法为什么它不起作用？如果我在 VMD 中加载轨迹，我正在使用这个命令（并且它有效）：

如何在 TCL VMD 脚本中为多个等值面涂上不同的颜色，而不必使用预定义的颜色（例如冰蓝色、石灰、淡紫色等...）？理想情况下，这将涉及使用 RGB 颜色，并且不能涉及更改预定义颜色的定义。

我编写了下面的代码来创建一个函数，该函数以文件 .xyz 格式创建一个包含 N 个粒子位置的文件，该文件可用于显示粒子轨迹。

但是，我有点不确定一些事情。

首先，我想创建和编写一个文件，以便它像这样显示......

其中所有行都是字符串，在这种情况下采用 i = 1 和 j = 1,2。

我觉得我肯定错误地编写了必须附加 .xyz 文件的代码部分。

我还应该注意...

返回 4 个字符串。

（主要代码）

我希望我已经设法解释得足够清楚了！请随时回复，要求我再次尝试解释。

任何帮助深表感谢！

谢谢 ：-）

错误消息是“已释放对象的校验和不正确 - 对象可能在被释放后被修改”。

这是给我带来麻烦的功能。'npart' 和 'parts' 是全局变量。'npart' 是一个 int 而 'parts' 是一个结构数组（参见下面的声明）。

在这里，我将商转换为 int 以截断小数位。

我为“parts”数组分配内存并在 main 中调用 printXYZ() 函数：

请帮忙！

我正在尝试使用 VMD 软件获取配体的旋转矩阵以找到欧拉角。使用测量惯性命令，我可以获得旋转主轴。如何从归一化主轴形成旋转矩阵？在一篇论文中，我发现了一些与惯性张量的特征值排序有关的解决方案。此外，当我使用主轴作为列形成旋转矩阵时，在某些情况下，我得到行列式为 -1 的矩阵（对于正确的旋转矩阵，它应该为 1）。如何处理这种不正确的旋转矩阵以获得欧拉角？

我尝试运行以下 Tcl 脚本并收到错误：

这是什么意思？

注意：该脚本包含特定于 VMD 程序的术语

我需要编写两个圆的数据的代码，以便将其导出为动画（vmd）。这应该给我大约 6000 个数据（每圈 3000 个）。

当我运行程序时，它只写入第一个圆圈的数据。如何将两组数据写入同一个文件？这是我使用的代码