问题标签 [vmd]

我正在尝试在加载时设置默认表示，目前已将以下内容添加到默认 .vmdrc 文件中。

我也试过这条线：

以及选择命令的变体，例如 {name A}，因为我使用的是 hoomd 和 A 型粒子，但都无济于事，无论我做什么，它都会忽略表示样式和颜色设置，但其他设置有效正好。谁能帮我弄清楚为什么？谢谢。

现在，我有： pbc box -color black -width 1 pbc set {4.541 4.541 6.463 69.5 69.5 90}

我怎样才能做另一个？

文件结构

我想遍历目录中的所有文件夹并在 Tk 控制台上运行文本文件 autopsf.tcl 中的以下代码：

我目前正在运行以下代码：

我是 tcl 编程的新手，我需要为 vmd 编写一个脚本，计算两对原子之间的两个距离并将它们打印到输出文件中。我不明白为什么 measure 不能采取 atom_1 等。这是我的脚本，谢谢你的帮助

我的项目基于对包含水箱和脂质双层的系统的 MD 模拟分析，其中嵌入了水通道蛋白。在该系统上进行时间步长 150 ns 的模拟，以研究水渗透和流过脂质双层的分析。我的工作分析之一需要计算通过这种嵌入蛋白质的每个通道的水渗透事件（这种蛋白质包含四个单体，形成四个水通道）。我正在使用 VMD 进行分析。

我从互联网上获得了这个脚本https://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/science/nanotubes/files/permeation.tcl 。但是这个脚本没有按照我的要求给出结果。

因为我想分别找出通过每个孔隙/水通道发生的渗透事件，这个脚本只是计算整个 AQP 层的水渗透事件。我没有足够的专业知识来根据我的要求更改此脚本。

我正在尝试使用 tcl 脚本（通过 VMD）编写文件。当我在 tk/tcl 控制台上键入命令“dir”时，它会显示我正在尝试生成的文件名。但是当我尝试在该工作目录文件夹中手动打开该文件时，它甚至没有显示在其中。

这是一段代码。

我正在尝试在 tcl 中编写一个脚本来对 VMD 执行一些分析。首先我在一个过程中创建一个原子选择，然后我试图在另一个过程中使用它。

来自 VMD 的原子选择被实现为 Tcl 函数。返回的数据atomselect是要使用的函数的名称。你可以在这里阅读更多。

当我在 a 之外创建原子选择时，proc我可以在其中使用它，只需将其作为global. 但是现在我在其中创建它，当我尝试使用它时，它只是一个带有过程名称的字符串。

恢复，

这有效：

但这不会：

对于我的学习，我需要处理大量数据。数据需要通过一个名为 VMD 的程序进行分析，并最终存储在 Excel 表中。我的目标是自动化整个过程，而不是复制粘贴所有不同的文件。

我是 python 的完整初学者，并且在开始编写自己的程序时。我设法用 python 脚本打开了 VMD：

但现在我希望程序将 .pdb 文件加载到 VMD 程序中。如果我运行程序会发生错误：“系统找不到给定的路径”。

我该如何解决这个问题？用 python 脚本控制 GUI VMD 程序的一般方法是什么？

也可以用德语回答。谢谢。

我是使用 Tcl 的初学者。我将它用作 VMD（分子可视化）软件将其用作脚本语言。
我有一个蛋白质的原子位置坐标列表，例如：{{1 2 3} {7 9 13}, ...}我有一个具有不同位置的相同长度的单独列表说：{{3 5 2} {7 3 8}, ...}。
VMD 有一个内置vecsub函数，可以减去{1 2 3}和{3 5 2}给出{-2 -3 1}。我编写了一个foreach循环来迭代整个列表并计算vecsub.
我的代码如下：\

在 Tcl 中是否有另一种方法可以做到这一点？也许类似于 python 数组减法？

我需要使用文本文件中的 tcl 脚本计算每列的平均值，请帮助我