问题标签 [vmd]

新程序员来了。我一直在尝试通过 VMD 程序通过 Tk 控制台运行我的脚本，当我将它复制到 tkconsole 时该程序可以工作，但是当我将我的脚本源/加载到 tkconsole 中时，它在停止之前只运行部分脚本并给我两个问题。

我遇到的问题是：

1. 它会加载分子，但不会在 VMD 窗口中直观地显示它
2. 它运行我的大部分脚本，但卡在 put $total 部分并反馈给我无效的命令名称“put”

我不确定在采购脚本时是否错过了一个步骤，但是当手动粘贴整个脚本时，它似乎可以工作。想知道是否有人输入。请看下面的脚本：

我一直在尝试使用 CAFE 运行 MMPBSA 计算，但是，当我使用 -pb_rad charmm 时。VMD 在开始运行 PB 计算时打印以下错误：“列表中未匹配的打开报价”

我怀疑错误来自 cafe_mmpsa 脚本的以下部分：

但是，我需要帮助确定需要更正的部分。我希望有人可以帮助我或推荐我可以使用的任何其他 PB Radius。

谢谢你，哈维尔

我对 VMD 和一般编程相当陌生。我需要将两个子单元的 pdb 文件组合成一个包含两个子单元的组合 pdb 和 psf 文件。我使用了 Namd 教程并使用了两个名为 BChain270VerCTrue.pdb 和 barn_noH2o_ChainD.pdb 的 pdb 文件，并在 VMD 中运行了这个 pgn：

然而，这会产生一种损坏的 pdb，它的两个亚基共价键合。我该如何解决这个问题？

这是两个 pdb 文件在 VMD 中单独使用时的外观：

这是代码吐出的内容：

我正在尝试从我的 mac 中的终端打开 vmd，该终端保存在 /Users/myname/Downloads/VMD。当我将该文件保存在 .bash_profile 作为 export PATH="/USers/myname/Downloads/vmd194a55-macarm64.dmg:PATH" 时。但是当我在终端中输入 vmd 时，却说找不到该命令。你能帮我解决它吗？

我是 tcl 的新手。我有基础，但我希望能变得更好。我有一个要从分子中选择以进行可视化的 id 列表的列表。我想对从每个列表生成的每个代表应用不同的颜色。我有以下内容：

这给了我整个分子的输出。我希望保留基本 mol 视图，但在其顶部显示选择。它还生成一种颜色而不是 2 种不同的颜色，因为有 2 个列表用于 2 种不同的表示。我希望所有选定的代表都保留。可以在这里使用 atomselect 吗？我需要把它放在一个proc中吗？我觉得我不应该按摩尔着色，而是按选择着色。我不确定如何进行。任何指针都会有所帮助