问题标签 [vmd]
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tcl - TK/TCL 控制台不运行完整脚本,但可以手动输入
新程序员来了。我一直在尝试通过 VMD 程序通过 Tk 控制台运行我的脚本,当我将它复制到 tkconsole 时该程序可以工作,但是当我将我的脚本源/加载到 tkconsole 中时,它在停止之前只运行部分脚本并给我两个问题。
我遇到的问题是:
- 它会加载分子,但不会在 VMD 窗口中直观地显示它
- 它运行我的大部分脚本,但卡在 put $total 部分并反馈给我无效的命令名称“put”
我不确定在采购脚本时是否错过了一个步骤,但是当手动粘贴整个脚本时,它似乎可以工作。想知道是否有人输入。请看下面的脚本:
tcl - Tcl 列表中不匹配的打开引号。VMD MMPBSA 错误
我一直在尝试使用 CAFE 运行 MMPBSA 计算,但是,当我使用 -pb_rad charmm 时。VMD 在开始运行 PB 计算时打印以下错误:“列表中未匹配的打开报价”
我怀疑错误来自 cafe_mmpsa 脚本的以下部分:
但是,我需要帮助确定需要更正的部分。我希望有人可以帮助我或推荐我可以使用的任何其他 PB Radius。
谢谢你,哈维尔
terminal - 从终端打开 VMD
我正在尝试从我的 mac 中的终端打开 vmd,该终端保存在 /Users/myname/Downloads/VMD。当我将该文件保存在 .bash_profile 作为 export PATH="/USers/myname/Downloads/vmd194a55-macarm64.dmg:PATH" 时。但是当我在终端中输入 vmd 时,却说找不到该命令。你能帮我解决它吗?
tcl - 如何从 tcl 脚本中的 id 列表自动生成多个 VMD 表示
我是 tcl 的新手。我有基础,但我希望能变得更好。我有一个要从分子中选择以进行可视化的 id 列表的列表。我想对从每个列表生成的每个代表应用不同的颜色。我有以下内容:
这给了我整个分子的输出。我希望保留基本 mol 视图,但在其顶部显示选择。它还生成一种颜色而不是 2 种不同的颜色,因为有 2 个列表用于 2 种不同的表示。我希望所有选定的代表都保留。可以在这里使用 atomselect 吗?我需要把它放在一个proc中吗?我觉得我不应该按摩尔着色,而是按选择着色。我不确定如何进行。任何指针都会有所帮助