我一直在尝试使用 CAFE 运行 MMPBSA 计算,但是,当我使用 -pb_rad charmm 时。VMD 在开始运行 PB 计算时打印以下错误:“列表中未匹配的打开报价”
我怀疑错误来自 cafe_mmpsa 脚本的以下部分:
if { $pb } {
show -info "Calculating the PB term"
set start [clock seconds]
# assign radii
set ar_args "$currmol $pb_rad"
if { $pb_rad eq "charmm" } {
foreach p $parfile { append ar_args " \"$p\"" }
} elseif { $pb_rad eq "parm7" } {
append ar_args " \"$topfile\""
}
eval assign_radii $ar_args
set com_pb_list [calc_pb $currmol com $comsel]
if { $recsel ne "" } {
set rec_pb_list [calc_pb $currmol rec $recsel]
}
if { $ligsel ne "" } {
set lig_pb_list [calc_pb $currmol lig $ligsel]
}
foreach { d h m s } [timer $start] { break }
show -info "It took $d days $h hrs $m min $s sec"
}
但是,我需要帮助确定需要更正的部分。我希望有人可以帮助我或推荐我可以使用的任何其他 PB Radius。
谢谢你,哈维尔