1

我对 VMD 和一般编程相当陌生。我需要将两个子单元的 pdb 文件组合成一个包含两个子单元的组合 pdb 和 psf 文件。我使用了 Namd 教程并使用了两个名为 BChain270VerCTrue.pdb 和 barn_noH2o_ChainD.pdb 的 pdb 文件,并在 VMD 中运行了这个 pgn:

package require psfgen 

topology top_all27_prot_lipid.inp 

pdbalias residue HIS HSE 

pdbalias atom ILE CD1 CD 

segment A {pdb BChain270VerCTrue.pdb} 

segment D {pdb barn_noH2o_ChainD.pdb} 

coordpdb BChain270VerCTrue.pdb A 

coordpdb barn_noH2o_ChainD.pdb D 

guesscoord 

writepdb BarnaseBarnstar270True.pdb 

writepsf BarnaseBarnstar270True.psf

然而,这会产生一种损坏的 pdb,它的两个亚基共价键合。我该如何解决这个问题?

这是两个 pdb 文件在 VMD 中单独使用时的外观:

分离

这是代码吐出的内容:

在此处输入图像描述

4

0 回答 0