我对 VMD 和一般编程相当陌生。我需要将两个子单元的 pdb 文件组合成一个包含两个子单元的组合 pdb 和 psf 文件。我使用了 Namd 教程并使用了两个名为 BChain270VerCTrue.pdb 和 barn_noH2o_ChainD.pdb 的 pdb 文件,并在 VMD 中运行了这个 pgn:
package require psfgen
topology top_all27_prot_lipid.inp
pdbalias residue HIS HSE
pdbalias atom ILE CD1 CD
segment A {pdb BChain270VerCTrue.pdb}
segment D {pdb barn_noH2o_ChainD.pdb}
coordpdb BChain270VerCTrue.pdb A
coordpdb barn_noH2o_ChainD.pdb D
guesscoord
writepdb BarnaseBarnstar270True.pdb
writepsf BarnaseBarnstar270True.psf
然而,这会产生一种损坏的 pdb,它的两个亚基共价键合。我该如何解决这个问题?
这是两个 pdb 文件在 VMD 中单独使用时的外观:
这是代码吐出的内容: