vmd - 如何在 .vmdrc 中为 VMD 正确设置表示

Question

我正在尝试在加载时设置默认表示，目前已将以下内容添加到默认 .vmdrc 文件中。

display depthcue off
color Display Background white
display projection orthographic
mol default color {index}
mol default style {CPK 1.0 12 0.3 12}
mol default selection {all}
menu main move 62 1236
menu graphics move 166 1477

我也试过这条线：

mol default style CPK

以及选择命令的变体，例如 {name A}，因为我使用的是 hoomd 和 A 型粒子，但都无济于事，无论我做什么，它都会忽略表示样式和颜色设置，但其他设置有效正好。谁能帮我弄清楚为什么？谢谢。

Answer 1

这是因为分子在启动时没有被读入 vmd（在读取 .vmdrc 文件时）。我怀疑您从命令行使用“vmd 分子.文件”启动 vmd，而不是先打开 vmd，然后从“文件”>“新分子”选项卡加载分子。如果您以前一种方式执行此操作，则 .vmdrc 文件中的“mol”指令将应用于不存在的分子。后者应该与您提供的命令一起使用。

请参阅此处了解如何通过命令行启动使这些默认设置为您工作。