所以我的情况是，我的 2 个链（2 个蛋白质）来自同一个模拟，分别位于 2 个 DCD 文件中，每个文件有 2000 帧。我想将这 2 个 DCD 文件合并为包含两个链的单个 DCD 文件（总共有 2000 帧）。我知道这在 VMD 中是可能的。有人能帮我吗？
注意：我不是在谈论连接 DCD 文件（使用完成catdcd）
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您能够做到这一点的难易程度取决于您使用的力场/拓扑的格式。如果您使用 Amber 拓扑，那么它会更加困难，因为 Amber 的格式对于拓扑中引用的原子和结构中的原子之间的 1-1 对应关系非常敏感。如果您使用了 CHARMM，那么您可以生成一个包含两个帧的所有原子的 psf 文件。
关于结构的实际叠加/合并，您需要确切地知道如何将两个分子相对于彼此定向，尤其是在用于任何数值分析时。如果这是为了显示，那么只需将两条链作为单独的原子加载到 VMD 中并同时显示两者。
我很好奇为什么你首先要写两条轨迹——你可以访问 NAMD 的原始 dcd 输出吗？
于 2019-02-26T22:30:34.133 回答