所以我的情况是,我的 2 个链(2 个蛋白质)来自同一个模拟,分别位于 2 个 DCD 文件中,每个文件有 2000 帧。我想将这 2 个 DCD 文件合并为包含两个链的单个 DCD 文件(总共有 2000 帧)。我知道这在 VMD 中是可能的。有人能帮我吗?
注意:我不是在谈论连接 DCD 文件(使用完成catdcd
)
您能够做到这一点的难易程度取决于您使用的力场/拓扑的格式。如果您使用 Amber 拓扑,那么它会更加困难,因为 Amber 的格式对于拓扑中引用的原子和结构中的原子之间的 1-1 对应关系非常敏感。如果您使用了 CHARMM,那么您可以生成一个包含两个帧的所有原子的 psf 文件。
关于结构的实际叠加/合并,您需要确切地知道如何将两个分子相对于彼此定向,尤其是在用于任何数值分析时。如果这是为了显示,那么只需将两条链作为单独的原子加载到 VMD 中并同时显示两者。
我很好奇为什么你首先要写两条轨迹——你可以访问 NAMD 的原始 dcd 输出吗?