问题标签 [vcftools]

我有一个如下文件

我想通过挤压元素“-1”

但它不起作用。

添加

我使用 vcftools 将 vcf.gz 更改为元素为“0”、“1”或“2”的矩阵（例如，chr1.012）（缺失值为“-1”）。但我发现每一行的长度是不同的。所以我怀疑是不是因为“-1”。所以我想挤压“-1”元素。

我正在尝试使用 plink 将 .vcf 文件转换为 .ped 文件。我在网上看了一些手册和帖子，但似乎没有人特别提到如何将vcf转换为ped。

我希望这里可能有一些专家有使用 plink 将 vcf 转换为 ped 的经验。如果您能分享知识，我将不胜感激。此外，如果有另一种方式（非plink），请分享。

谢谢！

我正在从 EMBL 运行 Perl 脚本（在此处找到https://github.com/EMBL-EBI-GCA/reseqtrack/blob/master/scripts/variation_data/calculate_allele_frq_from_vcf.pl）在 Ubuntu 16.10 下我已经安装了 Vcftools 和 Tabix根据要求，两者都经过测试可以相应地工作。我使用以下命令执行脚本：

这将返回以下错误

由于某种原因，该脚本似乎无权访问 Tabix。我已经为执行脚本的用户（我）授予了文件夹完整的读/写权限。有任何想法吗？

我是 Linux 环境的新手，正在尝试安装生物信息学软件包（vcftools - https://vcftools.github.io/examples.html）。出于某种原因，我可以在 Cygwin 环境中毫无问题地编译，其他同事已经安装了该软件包而没有出现故障，但是如果我尝试在同一台计算机上的 VirtualBox 中的 Ubuntu 环境中编译，我会收到错误（如下所示）。我收到以下错误。有人对如何解决此错误有建议吗？

$make 安装

输出

您好我正在尝试使用 docker 安装 VelvetOptimizer。它说在@INC 中找不到Bio/SeqIO.pm。它需要安装以下内容： Velvet >= 0.7.51 ,Perl >= 5.8, BioPerl >= 1.4 并且我已经安装了它们

请找到 Dockerfile：

当我运行命令/shared/VelvetOptimiser-2.2.5/VelvetOptimiser.pl 时，出现以下错误：

错误：

但是当我使用“查找”命令时：我能够找到文件。

我认为它在 Perl 的包含路径中找不到，它由名为 @INC 的变量表示。谁能告诉我如何解决这个问题。如何在 perls 包含路径中添加它。

我正在尝试在 mac 上安装 vcftools。查看以前有关此问题的帖子，我确定我有 Mac OS X 开发人员工具（http://www.cnet.com/how-to/install-command-line-developer-tools-in-os-x /）。我遵循了官方文档（https://vcftools.github.io/examples.html）中推荐的程序。当我从命令行运行时：

./configure.ac

我收到以下错误：

./configure.ac：第 4 行：意外标记[2.63]' ./configure.ac: line 4:AC_PREREQ([2.63])'附近的语法错误

如果我尝试：

。/配置

它说：

-bash: ./configure: 没有这样的文件或目录

当我检查内容时，确实没有 ./configure ：

ls

谁能指出我做错了什么。我尝试过诸如“自制”之类的资源，但没有帮助。

非常感谢。

为了加快某个蛇形步骤，我想：

• 使用此结果将我的 bamfile 每个染色体拆分
  bamtools split -in sample.bam --reference
  为名为的文件sample.REF_{chromosome}.bam
• 对每个结果执行变体调用，例如sample.REF_{chromosome}.vcf
• 使用 vcf-concat (VCFtools) 重新组合获得的 vcf 文件
  vcf-concat file1.vcf file2.vcf file3.vcf > sample.vcf

问题是我不知道哪些染色体可能在我的 bam 文件中。所以我无法准确指定bamtools split. 此外，我不确定如何输入vcf-concat以获取所有 vcf 文件。

我想过使用 samples.fofn 并做类似的事情

并使用相同fofn的方法连接获得的 vcf 文件。但这感觉就像一个非常尴尬的黑客，我很感激你的建议。

编辑 20180409

正如@jeeyem 所建议的，我尝试了这些dynamic()功能，但我无法弄清楚。

我完整的蛇文件在GitHub 上，动态部分在第 99-133 行。

我得到的错误是：（ InputFunctionException in line 44 of /home/wdecoster/DR34/SV-nanopore.smk: KeyError: 'anon___snakemake_dynamic' Wildcards: sample=anon___snakemake_dynamic 使用anon匿名 {sample} 标识符）

使用 --debug-dag 运行会给出（出错前的最后一部分）： candidate job cat_vcfs wildcards: sample=anon candidate job nanosv wildcards: sample=anon___snakemake_dynamic, chromosome=_ candidate job samtools_index wildcards: aligner=split_ngmlr, sample=anon___snakemake_dynamic.REF__ candidate job split_bam wildcards: sample=anon___snakemake_dynamic, chromosome=_ InputFunctionException in line 44 of /home/wdecoster/DR34/SV-nanopore.smk: KeyError: 'anon___snakemake_dynamic' Wildcards: sample=anon___snakemake_dynamic

这表明通配符被误解了？

干杯，沃特

我正在尝试从使用 linux 上的 vcftools 程序生成的文件中进行绘图。该文件如下所示：

使用该文件，我想创建一个分组的 ggplot，其中 x 轴上的 chr0、chr1、chr2 和 y 轴上的 SNP_COUNT 值。我试过这个：

使用该代码，我得到了正确的分布：

但是 ggplot 是空的，任何建议都将不胜感激。

我想要的 ggplot 和我的价值观：

我正在尝试在 Mac 上安装 bcftools 以处理 VCF 文件，但是在执行正确安装时遇到了一些问题，特别是在执行“make”时。

bfctools 的安装说明出现在以下链接中，我尝试按照步骤操作，但问题出现在“make”中。

安装 samstools 和 HTSlib 也会出现同样的问题。

其他安装链接如下：

• https://samtools.github.io/bcftools/howtos/install.html
• http://www.htslib.org/download/

这是尝试安装时发生的情况

我附上了我用 brew 安装的依赖项：

我已经咨询了一些朋友，使用相同版本的MAC没有这个问题：Mojave: 10.14.3。

• 注意：Xcode 版本：Xcode-select version 2354

我的最后一个选择是安装虚拟机，但我再说一遍，一些具有类似特征的用户已经安装了 bcftools

我正在尝试从 CPAN 安装 Vcf.pm 并且没有运气。部分问题是我无法让 cpanm 工作。

这是我开始的地方：

https://metacpan.org/pod/release/AJPAGE/Bio-Pipeline-Comparison-1.123050/lib/Vcf.pm

安装说明（如果该页面在左下方）提供了 2 个选项：

和

对于第二个选项，第一行没问题，但第二行返回：

尝试第一个选项，我得到：

这很奇怪，因为我已经安装了 cpanminus 并且它似乎没问题，当我发出这个命令时：

我明白了：

任何人都可以帮助我获得上述 2 个选项之一，以便我可以安装模块吗？在计算机编程方面，我只是一个谦虚的外行，但我的理解是 cpan 应该使安装模块变得容易，所以我不敢相信我已经成功地失败了！