我正在尝试使用 plink 将 .vcf 文件转换为 .ped 文件。我在网上看了一些手册和帖子，但似乎没有人特别提到如何将vcf转换为ped。
我希望这里可能有一些专家有使用 plink 将 vcf 转换为 ped 的经验。如果您能分享知识，我将不胜感激。此外，如果有另一种方式（非plink），请分享。
谢谢！
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Plink 提供了自己的功能，用于将 vcf（和其他格式）文件转换为 plink 兼容的文件。您要查找的命令是recode，实际命令如下所示：
plink --vcf myfile.vcf.gz --recode --out myfile
于 2018-09-05T16:57:54.130 回答
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我使用 VCFtools 将我的 vcf 文件转换为 PLINK 格式（ped、fam、map）： https ://vcftools.github.io/man_latest.html
我的命令如下所示：
vcftools --vcf my_data.vcf --out my_data --plink
于 2016-10-17T16:08:44.950 回答