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我正在尝试从使用 linux 上的 vcftools 程序生成的文件中进行绘图。该文件如下所示:

CHROM   BIN_START   SNP_COUNT   VARIANTS/KB
chr0    0       46  4.6
chr0    10000   34  3.4
chr0    20000   0   0
chr0    30000   21  2.1
chr0    40000   15  1.5
chr0    50000   22  2.2
chr0    60000   22  2.2
chr0    70000   9   0.9
chr0    80000   20  2
chr0    90000   17  1.7
chr0    100000  17  1.7
chr1    0       87  8.7
chr1    10000   96  9.6
chr1    20000   90  9
chr1    30000   124 12.4
chr1    40000   60  6
chr1    50000   89  8.9
chr1    60000   80  8
chr1    70000   170 17
chr1    80000   152 15.2
chr1    90000   98  9.8
chr1    100000  99  9.9
chr2    0       65  6.5
chr2    10000   97  9.7
chr2    20000   68  6.8
chr2    30000   83  8.3
chr2    40000   67  6.7
chr2    50000   76  7.6
chr2    60000   91  9.1
chr2    70000   62  6.2
chr2    80000   40  4
chr2    90000   32  3.2
chr2    100000  45  4.5

使用该文件,我想创建一个分组的 ggplot,其中 x 轴上的 chr0、chr1、chr2 和 y 轴上的 SNP_COUNT 值。我试过这个:

filepath <- "/example/ggplot.txt"
df <- read.table(filepath, sep = "\t")
ggplot(df, aes(CHROM, SNP_COUNT))

使用该代码,我得到了正确的分布:在此处输入图像描述

但是 ggplot 是空的,任何建议都将不胜感激。

我想要的 ggplot 和我的价值观:

在此处输入图像描述

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感谢@kath @MauritsEvers 我所做的评论:

ggplot(x, aes(BIN_START, SNP_COUNT)) + 
    geom_point() + facet_wrap(~CHROM)

我得到了我想要的输出:

在此处输入图像描述

于 2018-04-20T10:26:12.600 回答