问题标签 [r2jags]

我有我的 jags 代码的这一部分。我真的看不到代码超出范围的地方。谁能看到我无法识别的任何错误？这些是数据大小。

错误是（其中第 41 行对应于循环中的第一行）

我正在尝试尝试“Yet, B., & Şakar, CT (2019). Estimating criteria weight distributions in multiple criteria decision making: a Bayesian approach. Annals of Operations Research, 1-25”的案例研究示例。提出了使用MCMC方法解决“多属性决策”问题。

我想根据条件计算权重的分布（由 b1~b5 表示）

我的问题是

1. 我认为'y'的先验分布不适合这个问题。

2. 我不知道如何将权重之和表示为 1 到锯齿模型。

3. 运行我在下面附加的代码后，R 产生了错误消息：“节点与父节点不一致”。我认为这是因为问题1中的问题。

这是我的 R 代码

和 rjags 模型

“School.csv”的内容如下：

接下来我可以尝试什么来解决这个问题？

我已经在 J​​AGS 中为数百个人的时间序列估计了一个巨大而复杂的时变层次模型。我估计个人的时变参数导致每人 80 个参数。参数是遵循多元正态分布的随机效应。当我尝试检查单个参数的收敛性时coda::gelman.diag(samples)，我的计算机遇到内存问题并且 R 在 12 小时后崩溃。是否足以检查多元正态分布的均值和精度的收敛性，还是有必要检查个体参数的收敛性（遵循上述分布）？这里的约定是什么？

我有三个非常相似的模型，我想通过 LOO 和 WAIC 比较哪个模型具有更高的预测准确性。我想多次模拟数据并取它们的对数似然的平均值。手动执行此操作将花费很长时间，因为我需要为每个模拟执行以下步骤： 1. 通过一个模型模拟数据；2. 保存第一个模型的数据和可能性；3.将数据拟合到第二个模型并保存第二个模型的可能性；3. 将数据拟合到第三个模型并保存对数似然。然后运行第二个模拟并重复所有四个步骤。

有什么方法可以同时模拟数据，例如多次模拟数据，每次都将数据拟合到所有三个模型并保存它们的对数似然？或者，至少，对于每个模拟，将数据拟合到所有三个模型一次？（比如将 1 个数据块和 2 个模型块放在一个 txt 文件中？）

以下是我的三个模型中的两个（两个模型共享相同的数据列表）。

loglik是计算对数似然。

注意：我使用 R2jags

模型1：例如，使用这个模型来模拟数据

模型 2

我有一个看起来像这样的数据框：

我正在使用 jags 执行 MCMC 算法，但我总是得到错误：

这是源文件：

这是我从原始源文件中使用的代码：

回溯错误来自原始源文件中的行

有人可以帮我弄清楚为什么会出现错误：

另外，我在数据文件中将 s 变量更改为数字，但我没有在这里显示。将其保留为字符也会产生另一个错误。

更新：现在使用 Traceplot 示例

更新：现在有了新的跟踪图

我正在尝试适应Outhwaite 等。als 2018占用建模代码，并且有几个问题我似乎无法找到答案...

用于创建模型的代码

注意 dbern(Py[j]+0.0001) 包含一个校正因子，因为 dbern(0) 在 JAGS 中不受支持。

我在一些工厂数据上运行模型，基本上只是尝试看看它是否像我期望的那样运行、收敛和表现。

问题 1（已回答）：我对 psi.fs[t] 的数量感兴趣。但是由于模型在实际建模过程之后计算了这个量，是否可以评估 psi.fs[t] 的收敛性？

用于运行模型的 R 代码R2JAGS

问题 2：当我 traceplot(jagsrespsi) 用来绘制轨迹图时，似乎到处都是，jagsrespsi$BUGSoutput 但我多年来 的 Rhat 是 1？gelman.diag(as.mcmc(jagsrespsi)) 也表示收敛。监测 psi 也是如此！

我对这种模型行为感到非常惊讶，并且怀疑有什么问题......但不知道在哪里看

我对 Jags 很陌生，我正在尝试计算模型 DIC，但返回了这样的错误： jags.model 中的错误（model.file，data = data，inits = init.values，n.chains = n.chains , : RUNTIME ERROR: Compilation error on line 5. 索引超出范围，我的代码的子集附在下面。

我通过包“R2jags”为占用模型运行 JAGS。

我的模型运行良好，但大部分时间花在控制台读取“初始化模型”的阶段，即 1.05 小时的总运行时间。40分钟。以下是此阶段发生的情况（根据 JAGS 文档）：

• 选择初始值（我通过 R 中的列表将它们传递给 JAGS）
• RNG = 选择随机数生成器。（我使用默认设置）
• 采样器被选中。（我对此没有直接影响，但可以加载某些“模块”，需要尝试这是否加快了进程，但对此表示怀疑）

我的“初始化”需要这么长时间？我对这种行为感到很困惑......

我正在尝试按照“Lahoz-Monfort JJ, Guillera-Arroita G, Tingley R (2015) Statistical methods to account for false positive errors in environment DNA samples. Molecular Ecology Resources, 16, 673–685。” 似乎它工作正常，但我无法弄清楚查看结果的命令......有人可以帮忙吗？

文件“Thoropa.txt”是一个存在/不存在矩阵，如下所示：

根据 Limey 的评论（谢谢！），我将脚本更改为：

数据文件和以前一样。现在我收到错误消息：

“checkForRemoteErrors(val) 中的错误：4 个节点产生错误；第一个错误：索引超出范围”

任何人都可以帮助确定我的脚本中的错误吗？我不是专家，我正在自学，如果这是一个愚蠢的问题，很抱歉......（也许数据格式有问题......？）

谢谢你们！

我想在我正在使用的集群上安装 jagsUI。但是，这需要我加载已安装在计算机上的 JAGS4.3.0 模块。这是我在安装 jagsUI 时遇到的错误：

我已经在我的终端上检查了是否安装了 jags。当我在连接到集群的终端中执行模块时，未显示 jags 的模块文件。我是否将 JAGS 软件加载到集群中？