问题标签 [dunn.test]
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r - 管理/存储 posthoc.krukal.dunn.test() 或 dunn.test() 结果的最佳方法是什么 - 我的输入数据采用数据帧格式?
我是 R 编程的新手,在分析代谢组学数据时寻求帮助 - 118 种代谢物,4 个条件(每个条件 3 个重复)。我想知道,对于每种代谢物,哪个条件与哪个条件显着不同。这是我的部分数据
这就是我到目前为止所拥有的。
我从这篇文章中学到了第一行
这就是我遍历过去 KW 测试的代谢物的地方
我不确定如何管理我的output
,以便更容易管理通过 KW 测试的所有代谢物。也许保存每次迭代的输出附加到excel?我还尝试了 dunn.test 包,因为它具有表格或列表输出选项。但是,它仍然让我停留在同一点上。有点卡在这里。
此外,我是否还应该在 KW 测试之后执行某种调整后的 p 值,即 FWER、FDR、BH - 在执行事后测试之前?
任何建议将不胜感激。
kruskal-wallis - Dunn 的检验(尤其是 Z 统计量)是否说明了方向?
我进行了邓恩检验来比较三个名义变量的因子分数分布。如何解释 Z 统计量的符号?Z统计是否说明了方向?
r - 从 R 中的邓恩测试中获得显着不同的组
在 R 中,我将组与 dunn.test 进行比较。这是一些示例数据,其中“type”是分组变量:
我想将变量var_A
和var_B
三组之间的变量与 进行比较dunn.test ()
,得出以下结果:
和
我知道对于 var_A,我看不出三组之间有任何显着差异。对于 var_B,组“低”和“高”显着不同。在展示结果时,我可以选择一个表格,例如
我想要实现的是添加字符以指示dunn.test
. 这可能看起来像
所以,我的长而短的问题是:我如何告诉dunn.test
函数输出分组字符(例如“a”、“ab”或“b”)。或者是否有解决方法来获得所需的字符?
r - 如何将 dunn.test 应用于 R 中的数据帧?
我有一个包含两列的 CSV 文件:组和权重。我可以进行 Kruskal–Wallis 测试:
我想计算与对照组的成对多重比较(有不同的处理方法)。我试过dunn.test.control
了,但我只得到错误。我认为我没有正确使用该命令。
知道我做错了什么吗?随意展示一个例子!
r - 可视化与许多组的显着成对比较的方法
考虑这个数据框:
我正在处理与dat1
上面创建的结构相似的数据。var1:6
对从 20 个群体中随机抽样的个体进行了多个变量的测量,这里用Loc
柱子表示。我对数据进行了综合非参数测试(Kruskal Wallis,一些其他迭代程序),目的是估计Loc
哪些变量在哪些变量上不同。我想Loc
使用邓恩检验在 s 之间进行成对比较(对于每个var
),并可视化“重要”结果的位置。我的问题是,对于这么多组(以及许多显着差异),任何使用典型箱线图来可视化这一点的方法都是混乱且难以理解。有没有更好的方法来可视化与这么多组的成对比较(特别是使用邓恩检验)?
r - 如何从邓恩测试的输出中创建 p 值的相关矩阵?
使用下面的数据框,我需要根据每个dunn_test
来查看哪些Loc
s 彼此不同var
:
如何Loc
在 object 的 s之间制作“p 值的相关矩阵” res
,使其如下所示,并显示每个成对比较的 p 值:
r - 编写一个函数来总结 dunn.test::dunn.test 的结果
在 R 中,我执行邓恩检验。我使用的函数没有按输入变量的统计显着差异对输入变量进行分组的选项。然而,这是我真正感兴趣的,所以我尝试编写自己的函数。不幸的是,我无法绕过它。也许有人可以提供帮助。
我airquality
以 R 自带的数据集为例。我需要的结果可能看起来像这样:
当我运行时dunn.test
,我得到以下信息:
从这个结果,我推断五月不同于七月和八月,六月不同于七月(但不是八月)等等。因此,我想将显着不同的组附加到我的结果表中:
虽然我是手工完成的,但我想必须可以自动化这个过程。但是,我没有找到一个好的起点。我创建了一个包含所有比较的数据框:
我认为遍历此数据框并使用选择变量从中选择正确字母的函数letters()
可能会起作用。但是,我什至想不出一个起点,因为必须同时考虑改变行数......
也许有人有一个好主意?
r - 修复了邓恩测试中 R-“不正确的维数”中的错误
我正在尝试使用 Dunn 测试进行比较,但出现错误:“Psort[1, i] 中的错误:维数不正确”
我试图使用的数据就是这种想法(但样本量更大):
我使用的代码是
我的问题是我的频率只分为两组吗?由于另一个因素,我的频率分为三组,效果很好。如果这是问题所在,我是否可以进行另一项测试来执行类似/相同的功能?
谢谢!