问题标签 [survminer]

那里！我尝试使用包“plotly”来交互我的生存曲线，所以对于可重复的示例，我使用“lung”数据集：

我得到的那个错误：

UseMethod（“ggplotly”，p）中的错误：没有适用于“ggplotly”的适用方法应用于“c（'ggsurvplot'，'ggsurv'，'list'）”类的对象

那么有什么问题呢？
我的会话信息：
R 版本 4.0.2 (2020-06-22){...}
其他附加包：
survival_3.2-7 survminer_0.4.8 ggpubr_0.4.0 plotly_4.9.2.1 ggplot2_3.3.2

我有一个与 ggsurvplot 的动态标签和标题有关的一般性问题。在使用包 purrr 的嵌套列表中使用 ggsurvplot 函数时，是否可以为 ggsurvplot 函数提供动态图例标签和图例标题map？

• 我使用的数据集是 NCCTG Lung Cancer Data lung{survival}，稍作调整包括 ECOG 分数低于 3

• 下面的代码为每个预后因素（性别和 ECOG 评分，在 varnames 中定义）动态创建生存图。但是，我不知道如何在函数中添加 dynamic和参数，title因为它们需要作为字符向量提供，该字符向量应该随每个 varname（sex 和 ph.ecog）而变化。legend.labslegend.titleggsurvplot

任何帮助将不胜感激。

谢谢！

HTJ

我在 R 中运行多个成对比较。我正在使用生存包 survminer。我正在使用该功能：pairwise_survdiff {survminer}

它提供了具有预期意义的成对比较，但似乎没有办法给出结果的紧凑字母显示（CLD）。我正在看成对的 19 个级别。我最终打印了结果，手工将它们放入 excel 中，然后手工写字母。但现在我需要再做一次，并希望有一种更简单的方法。

1. 我可以让 R 直接从 pairwise_survdiff {survminer} 结果中进行 CLD 吗？

霸占那个

2. 有没有办法让它将结果打印到电子表格可以读取的表格中？

3. 如果我手工制作逻辑矩阵，我如何让 R 把它变成 CLD？

4）如果我全部手动完成，我想知道是否有更紧凑的方法来显示这个比较列表。由于冗余，我可以删除这些字母中的任何一个吗？ 用于比较的手工 CLD

谢谢

I have a long list of variables and I would like to calculate differences in survival (p values) for each one of those variables. I use the survfit() and surv_pvalue() functions to get the result, but I'm facing some issues on looping over variables

results in:

likely meaning that there is a discordance between the lengths of 4:ncol(data) and colnames(data)[3 + i], but how exactly do I have to specify them? Thank you in advance for the solutions!

我正在尝试使用 survminer 通过 ggadjustedcurves() 创建调整后的生存曲线。我的代码如下：

我收到错误消息：

if (xi > xj) 1L else -1L 中的错误：需要 TRUE/FALSE 的缺失值

这也是我的回溯：

我不知道这意味着什么或如何解决它。非常感谢任何帮助:)

我使用 R 中 survminer 包中的 ggsurvplot 来绘制 Kaplan-Meir 曲线。这是代码和以下错误：

grid.Call(C_convert, x, as.integer(whatfrom), as.integer(whatto), 中的错误：VECTOR_ELT() 只能应用于“列表”，而不是“NULL”此外：警告消息：矢量化input toelement_text()不受官方支持。结果可能出乎意料，或者在 ggplot2 的未来版本中可能会发生变化。

我的 R 版本：4.0.2 软件包版本：[1] stringr_1.4.0 survminer_0.4.8 ggpubr_0.4.0survival_3.2-3 tidyr_1.1.2 ggplot2_3.3.2 dplyr_1.0.2 plyr_1.8.6 readr_1.3.1

事实上，在另一个 R 中测试相同的代码时：R 版本：4.0.2 包版本：[1] survminer_0.4.8 ggpubr_0.4.0survminer_3.1-12 tidyr_1.1.0 ggplot2_3.3.2 dplyr_1.0.0 plyr_1.8.6 readr_1.3.1，有同样的警告，但情节印得很好。R 版本是相同的，还有 ggplot2 和 survminer，但生存版本更旧。

所以似乎有了新版本的生存包，ggsurvplot()不再工作了，这很烦人。我无法在我工作的平台上轻松更改软件包版本。您知道将来使用ggsurvplot()最后生存版本的解决方案吗？

非常感谢您的帮助。

我正在使用 survminer 包来绘制未调整的 Kaplan Meier 图。我正在计算比较不同暴露的死亡率，我有一个非常具体的问题： 有没有办法改变 ggsurvplot 的 x 轴标签？在我的情况下，我想用 30 替换时间点 0，用 50 替换时间点 20，用 70 替换时间点 40，用 90 替换时间点 60。

我使用下面的代码创建了我的 ggsurvplot：

我试图为我的生存分析图翻转 x 和 y（使用survminer 包），但是当我将 coord_flip() 添加到这行代码时：

ggsurvplot(poop_fit, data = egg.data, pval = TRUE, conf.int = TRUE, coord_flip())

我收到此错误：

Error in .apply_surv_func(df, fun = fun) : Invalid 'fun' argument

有谁知道是否有另一种方法可以在生存分析中翻转坐标？

我正在使用生存分析来显示达到发展里程碑的个体/持续时间的比例，我想翻转 y 轴刻度，使其顶部为 0，底部为 1.00。我尝试使用 scale_y_reverse，但这也颠倒了结果。我只希望轴刻度从 0 到 1，同时保持第一个图形的视觉效果。谢谢你的帮助！！

这是我添加到最后一行时发生的情况： ggplot2 + ylab("Proportion of Larvae Spinning Cocoon") + scale_y_reverse()

我正在尝试使用survminer&survival包为相应的分析绘制生存曲线。risk.table = TRUE在命令中设置ggsurvplot会导致警告说'矢量化输入element_text()不受官方支持。结果可能出乎意料，或者在 ggplot2 的未来版本中可能会发生变化。

我还尝试了此问题是否与其他数据一起出现。这是我在 R 版本 4.0.3、Rstudio 版本 1.2.5033 上运行的简单表示：

risk.table = FALSE如果这就是我假设 risktables 参数以某种方式干扰 ggplot2 x 轴格式的原因，则不会出现警告。在 github 上关于 ggplot2 的未来是否应支持 element_text() 的矢量化输入的讨论中，开发人员似乎宁愿选择弃用周期https://github.com/tidyverse/ggplot2/issues/3492。

我想知道目前是否有某种方法可以克服这个问题，因为我想ggsurvplot在未来经常使用它的风险表功能。这个问题似乎也出现在使用创建的其他图上ggplot2（参见上面的 github 讨论）。然而，在 reprex 中，它似乎与一个内在论点有关ggsurvplot，在我看来，这个论点对于未来使用这个函数很重要。任何支持性意见将不胜感激。