问题标签 [singularity-container]
For questions regarding programming in ECMAScript (JavaScript/JS) and its various dialects/implementations (excluding ActionScript). Note JavaScript is NOT the same as Java! Please include all relevant tags on your question; e.g., [node.js], [jquery], [json], [reactjs], [angular], [ember.js], [vue.js], [typescript], [svelte], etc.
docker - 将参数字符串传递给“docker run imagefile”
我对 Docker 有疑问。我制作了一个 Singularity 图像文件,它有一个运行脚本,需要一些参数才能工作。这些是该脚本的第一行:
我必须将其转换为 Docker 映像,我使用了singularity2docker来做到这一点。我尝试在没有任何参数的情况下启动它(一个简单的 docker run -it containername),我可以看到 runscript 已执行,但当然,由于缺少参数,它不能正常工作。如果我尝试添加它们(docker run -it containername "-t arg1 -n arg2")我得到
docker:来自守护进程的错误响应:OCI 运行时创建失败:container_linux.go:348:启动容器进程导致“exec:\”-t\”:$PATH 中找不到可执行文件”:未知。
我有点确定这有一些愚蠢的原因,可能是由于singularity2docker 转换。我可以轻松访问用于构建 Docker 映像的沙箱,但我真的不知道该怎么做。这是我可以在里面找到的 Dockerfile。
我想尝试设置一个入口点可能会起作用,但我什至不确定是否以及如何使用该临时沙箱来做到这一点。
任何帮助将不胜感激,谢谢。
ubuntu - 如何让 Visual Studio Code 在已挂载的分区中查找依赖项?
我想使用 Visual Studio Code 编译一个大型代码库,但我不想在我的笔记本电脑上安装该代码库的依赖项(我通过apt-get
或获取它们pip
)。相反,我已将这些依赖项安装在另一个分区中,并将该分区安装到我的笔记本电脑上
我的目标是使用 VS Code 中的 CMake 扩展来为该代码库生成 CMake 文件并进行编译。但是,CMake 会出现错误,因为它无法在我的机器上找到依赖项。所以我想知道,我怎样才能让 Visual Studio Code只在特定位置(比如挂载的分区)而不是我的机器中查找依赖项?
ubuntu - 如何在奇异映像中安装 ubuntu 包?
我在 CentOS 6.6 系统上工作。我有一个可写的奇异 ubuntu 16.04 图像,我知道我实际上可以写到:
我现在尝试安装一个新软件包,但出现以下错误:
检查/var/lib/apt/lists/archive.ubuntu.com_ubuntu_dists_xenial-updates_InRelease
,它只是一个带有签名的哈希和文件。
问题:如何apt-get
在奇异环境中使用 while 安装软件包?
echo - Singularity exec - 回显重定向问题
我正在运行一个带有 ubuntu xenial 基础的奇点容器。
当我尝试使用从 echo 命令重定向到文件系统来创建文本文件时,重定向的目标被解释为在主机上而不是在容器上。
下面是命令——
它没有在名为 /mnt 的容器文件夹中创建文件 test.txt,而是尝试将 test.txt 文件写入主机根文件夹 /mnt/test.txt 导致 - 没有权限错误,因为显然我没有写入主机根文件夹的权限。
你知道为什么重定向到主机文件系统而不是容器文件系统,因为奇异 exec命令应该起作用吗?
tab-completion - 奇点 bash shell 内的制表符补全
我正在使用从 docker ubuntu:xenial 基础映像创建的奇异容器。当我使用此命令进入外壳时 -
1)制表符补全不起作用 2)箭头键产生奇怪的字符
例如输入ls[tab][up][down][left][right]会产生这个 -
有谁知道1)为什么制表符完成不起作用和2)为什么会产生奇怪的字符?
谢谢
matlab - 使用matlab在奇点容器中的分段违规
为了在集群上部署,我在 Singularity 容器中打包了一个名为leverjs 的学术软件。它带有从软件运行的预构建 Matlab 包。我已经通过配方文件在容器内安装了 Matlab 运行时 R2017b、leverjs 和所有依赖项。
Leverjs 转换和分析 home 路径上的 Image 文件,该路径自动绑定到 Singularity 容器。
但是在从容器中运行leverjs 并调用预编译的matlab 代码时,Matlab 因分段违规而崩溃。Leverjs 本身在电子上运行。如果所有依赖项和 Matlab 运行时都在容器中,Matlab 如何导致段错误?
配方文件:引导程序:docker 来自:ubuntu
matlab 故障转储:
我希望这不是太离题。
谢谢你。
docker - Snakemake + docker 示例,如何使用卷
让我们有一个简单的蛇文件,如
我想概括绘图规则,以便它可以在 docker 容器中运行,类似于
如果我理解得很好,当我运行时,我会在 docker 容器中snakemake --use-singularity
获得该somecommand
运行,如果没有容器的一些卷配置,就无法找到输入的 csv 文件。
您能否提供一个小的工作示例来描述如何在 Snakefile 或其他 Snakemake 文件中配置卷?
centos7 - 奇点 - Centos7 - 权限
我在 Centos7 系统上使用了奇异性,但我阻止了难以理解的类似权限问题。
(这是我自己做的一个离心机/再离心机容器,在Ubuntu系统上完美运行)
命令
错误日志
似乎奇点无法写入 tmp 文件或写入classification_result
文件或两者:/
工作目录权限
编辑 1 解决权限问题
而且错误仍然是一样的......我sudo chown -R apache:apache /tmp
在 tmp 文件夹上做了一个,但它没有生效:/
singularity-container - 奇点提取、编辑和重建图像
我有一个为我制作的奇异容器(在彗星 GPU 节点上运行 tensorflow),但我需要修改 keras 安装以达到我的目的。
我了解.simg
文件不可编辑(并且.img
不推荐使用可写格式),因此不鼓励转换为.img
文件、编辑然后转换回文件的过程:.simg
在我看来,最好的方法可能是提取内容(比如放入沙箱),编辑它们,然后将沙箱重建为.simg
图像。
我知道如何进行第二次转换 ( singularity build new-sif sandbox
),但我该如何进行第一次转换?
我尝试了以下方法,但命令永远不会完成: