问题标签 [singularity-container]

For questions regarding programming in ECMAScript (JavaScript/JS) and its various dialects/implementations (excluding ActionScript). Note JavaScript is NOT the same as Java! Please include all relevant tags on your question; e.g., [node.js], [jquery], [json], [reactjs], [angular], [ember.js], [vue.js], [typescript], [svelte], etc.

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docker - 将参数字符串传递给“docker run imagefile”

我对 Docker 有疑问。我制作了一个 Singularity 图像文件,它有一个运行脚本,需要一些参数才能工作。这些是该脚本的第一行:

我必须将其转换为 Docker 映像,我使用了singularity2docker来做到这一点。我尝试在没有任何参数的情况下启动它(一个简单的 docker run -it containername),我可以看到 runscript 已执行,但当然,由于缺少参数,它不能正常工作。如果我尝试添加它们(docker run -it containername "-t arg1 -n arg2")我得到

docker:来自守护进程的错误响应:OCI 运行时创建失败:container_linux.go:348:启动容器进程导致“exec:\”-t\”:$PATH 中找不到可执行文件”:未知。

我有点确定这有一些愚蠢的原因,可能是由于singularity2docker 转换。我可以轻松访问用于构建 Docker 映像的沙箱,但我真的不知道该怎么做。这是我可以在里面找到的 Dockerfile。

我想尝试设置一个入口点可能会起作用,但我什至不确定是否以及如何使用该临时沙箱来做到这一点。

任何帮助将不胜感激,谢谢。

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ubuntu - 如何让 Visual Studio Code 在已挂载的分区中查找依赖项?

我想使用 Visual Studio Code 编译一个大型代码库,但我不想在我的笔记本电脑上安装该代码库的依赖项(我通过apt-get或获取它们pip)。相反,我已将这些依赖项安装在另一个分区中,并将该分区安装到我的笔记本电脑上

我的目标是使用 VS Code 中的 CMake 扩展来为该代码库生成 CMake 文件并进行编译。但是,CMake 会出现错误,因为它无法在我的机器上找到依赖项。所以我想知道,我怎样才能让 Visual Studio Code在特定位置(比如挂载的分区)而不是我的机器中查找依赖项?

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ubuntu - 如何在奇异映像中安装 ubuntu 包?

我在 CentOS 6.6 系统上工作。我有一个可写的奇异 ubuntu 16.04 图像,我知道我实际上可以写到:

我现在尝试安装一个新软件包,但出现以下错误:

检查/var/lib/apt/lists/archive.ubuntu.com_ubuntu_dists_xenial-updates_InRelease,它只是一个带有签名的哈希和文件。

问题:如何apt-get在奇异环境中使用 while 安装软件包?

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echo - Singularity exec - 回显重定向问题

我正在运行一个带有 ubuntu xenial 基础的奇点容器。

当我尝试使用从 echo 命令重定向到文件系统来创建文本文件时,重定向的目标被解释为在主机上而不是在容器上。

下面是命令——

它没有在名为 /mnt 的容器文件夹中创建文件 test.txt,而是尝试将 test.txt 文件写入主机根文件夹 /mnt/test.txt 导致 - 没有权限错误,因为显然我没有写入主机根文件夹的权限。

你知道为什么重定向到主机文件系统而不是容器文件系统,因为奇异 exec命令应该起作用吗?

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tab-completion - 奇点 bash shell 内的制表符补全

我正在使用从 docker ubuntu:xenial 基础映像创建的奇异容器。当我使用此命令进入外壳时 -

1)制表符补全不起作用 2)箭头键产生奇怪的字符

例如输入ls[tab][up][down][left][right]会产生这个 -

有谁知道1)为什么制表符完成不起作用和2)为什么会产生奇怪的字符?

谢谢

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matlab - 使用matlab在奇点容器中的分段违规

为了在集群上部署,我在 Singularity 容器中打包了一个名为leverjs 的学术软件。它带有从软件运行的预构建 Matlab 包。我已经通过配方文件在容器内安装了 Matlab 运行时 R2017b、leverjs 和所有依赖项。

Leverjs 转换和分析 home 路径上的 Image 文件,该路径自动绑定到 Singularity 容器。

但是在从容器中运行leverjs 并调用预编译的matlab 代码时,Matlab 因分段违规而崩溃。Leverjs 本身在电子上运行。如果所有依赖项和 Matlab 运行时都在容器中,Matlab 如何导致段错误?

配方文件:引导程序:docker 来自:ubuntu

matlab 故障转储:

我希望这不是太离题。

谢谢你。

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docker - 将docker tar文件转换为奇点图像?

我对 Docker 和 Singularity 都是新手。我最近创建了规范的main.c.

我静态编译了这段代码,即

然后我构建了 docker 映像并可以运行它,即

然后我保存图像,以便可以将其导出到第二台计算机(没有 docker,但确实有奇点),即

现在在第二台机器上,它没有 docker 但确实有奇点,我想创建一个奇点图像。奇异性文档提供了有关从 Docker Hub 上的 docker 映像创建奇异性映像的说明,但它们没有提供有关从 docker tar'd 文件转换的说明。

问题:我如何从我的hello.tar

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docker - Snakemake + docker 示例,如何使用卷

让我们有一个简单的蛇文件,如

我想概括绘图规则,以便它可以在 docker 容器中运行,类似于

如果我理解得很好,当我运行时,我会在 docker 容器中snakemake --use-singularity获得该somecommand运行,如果没有容器的一些卷配置,就无法找到输入的 csv 文件。

您能否提供一个小的工作示例来描述如何在 Snakefile 或其他 Snakemake 文件中配置卷?

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centos7 - 奇点 - Centos7 - 权限

我在 Centos7 系统上使用了奇异性,但我阻止了难以理解的类似权限问题。

(这是我自己做的一个离心机/再离心机容器,在Ubuntu系统上完美运行)

命令

 错误日志

似乎奇点无法写入 tmp 文件或写入classification_result文件或两者:/

工作目录权限

编辑 1 解决权限问题

而且错误仍然是一样的......我sudo chown -R apache:apache /tmp在 tmp 文件夹上做了一个,但它没有生效:/

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singularity-container - 奇点提取、编辑和重建图像

我有一个为我制作的奇异容器(在彗星 GPU 节点上运行 tensorflow),但我需要修改 keras 安装以达到我的目的。

我了解.simg文件不可编辑(并且.img不推荐使用可写格式),因此不鼓励转换为.img文件、编辑然后转换回文件的过程:.simg

在我看来,最好的方法可能是提取内容(比如放入沙箱),编辑它们,然后将沙箱重建为.simg图像。

我知道如何进行第二次转换 ( singularity build new-sif sandbox),但我该如何进行第一次转换?

我尝试了以下方法,但命令永远不会完成: