问题标签 [pubchem]
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r - Rvest 网页抓取返回空字符
我正在寻找使用 R 的化学数据库中的一些数据，主要是name,CAS Number和molecular weight现在。但是，我无法rvest提取我正在寻找的信息。这是我到目前为止的代码：
但是，当我尝试创建时name_html，R 只返回字符（空）。我正在使用SelectorGadget获取 HTML 节点，但我注意到这SelectorGadget给了我一个与 Inspector 在 Google Chrome 中所做的不同的节点。我在这行代码中都试过了".short .breakword"，".summary-title short .breakword"但都没有给我我想要的东西。
pubchem - rpubchem 错误 - 从 pubchem 收集数据
这是我第一次尝试使用 R 从 pubchem 收集数据。但是，对于我使用的每个 cid，我每次都会收到以下错误。
图书馆（“rpubchem”）
get.cid(46926545)
do.call(cbind, unlist(Filter(function(x) !is.null(x), cvals) 中的错误：第二个参数必须是列表
谁能指出我做错了什么。cid 的链接是“ https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/compound/46926545#section=Top ”
json - 如何解析这样的 JSON 文件？
我想解析这个 JSON 文件。
用第二列作为 Canonical SMILES 和第三列作为 Isomeric SMILES 得到类似的东西。
有人可以告诉我如何在 jq 中以最好的方式做到这一点吗？
python-3.x - 无论如何在python中调用PubChem API？
我一直在使用 PubChem API 将化学微笑转换为结构，但仍然有错误。
这是我尝试使用 PIL 图像和 TKinter 的 google colab
https://colab.research.google.com/drive/1TE9WxXwaWKSLQzKRQoNlWFqztVSoIxB7
我想要的输出应该是这样的结构格式
javascript - 从 pubchem 下载 json 文件
我的任务是仅使用查询字符串（例如 h2o）和 JS 从网站（pubchem）下载 json 文件。我知道可以进行解析，但是代码太多了，因为我需要解析很多页面才能获得目的地。有没有其他选择可以解决这个问题？使用谷歌没有给我任何想法）：
javascript - 如何加快对服务器的请求？(PUGREST.超时)
我遇到了与服务器请求时间相关的问题。在某些情况下（例如 C2H4），它会在 5-10 秒后给出结果（太慢了），在其他情况下（例如 C9H8O4）它会因超时错误而失败。显然，这两种结构的日期重量大致相同。我究竟做错了什么？
database - 具有相关特性的化学品数据库？
我认为 pubchem 在这里有我需要的东西，我想要一个数据库，它是 - 或可以转换为 - 化学标识符表：学校项目的一系列属性。问题是，pubchem 太大，他们提供的唯一我知道如何解码的文件是 XML（他们还提供 SDF 和 ASN，链接如下：ftp: //ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pubchem/ Substance/CURRENT-Full/ )，并且我没有足够的 RAM 在文本编辑器中打开 XML。
我可以使用其他数据库吗？
有没有办法在加载 XML 文件之前将它们分割成更易于管理的部分？
一旦我拥有任何可打开形式的数据，我就可以用代码对其进行解析，因此数据过多而无法阅读不是问题。
python - 如何在 PubChemPy 中使用 searchtype 选项
我试图运行代码
但是，它没有用。
此代码与文档（“https://pubchempy.readthedocs.io/en/latest/guide/searching.html#advanced-search-types”）中显示的代码完全相同。
另一个代码，例如pcp.get_compounds('Aspirin', 'name', record_type='3d')在同一页面中显示的代码。
请给我一些有关如何解决此错误的建议。
python - 类型错误：get_properties() 缺少 1 个必需的位置参数：“标识符”
我一直在尝试使用 PubChemPy 在 python 上找出这个错误，但我被卡住了。我正在尝试输入化学品列表并生成 Canonical Smiles 信息以获取大约 200 种化学品的列表。这是我正在使用的代码
任何帮助，将不胜感激
python - IndexError：列表索引超出范围。对于 Stitch API，当我使用 python 做 API 时，对于一些输入，我得到输出，只有最后一行有索引错误
我是编程新手。我正在尝试使用 STITCH API 查找化学品的目标。当我运行代码时，对于列表中的某些输入，我得到了输出。但最后，几行显示上面引用的索引错误（例如，如果我有 10 个输入 ID，我得到其中 7 个的输出，其他三个不会运行，因为我得到索引错误）。请在下面查看我的代码并帮助解决问题。我的输入是 PubChem CID 列表，仅此而已。