问题标签 [pubchem]

For questions regarding programming in ECMAScript (JavaScript/JS) and its various dialects/implementations (excluding ActionScript). Note JavaScript is NOT the same as Java! Please include all relevant tags on your question; e.g., [node.js], [jquery], [json], [reactjs], [angular], [ember.js], [vue.js], [typescript], [svelte], etc.

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r - Rvest 网页抓取返回空字符

我正在寻找使用 R 的化学数据库中的一些数据,主要是name,CAS Numbermolecular weight现在。但是,我无法rvest提取我正在寻找的信息。这是我到目前为止的代码:

但是,当我尝试创建时name_html,R 只返回字符(空)。我正在使用SelectorGadget获取 HTML 节点,但我注意到这SelectorGadget给了我一个与 Inspector 在 Google Chrome 中所做的不同的节点。我在这行代码中都试过了".short .breakword"".summary-title short .breakword"但都没有给我我想要的东西。

SelectorGadget 和 Inspector 的屏幕截图

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pubchem - rpubchem 错误 - 从 pubchem 收集数据

这是我第一次尝试使用 R 从 pubchem 收集数据。但是,对于我使用的每个 cid,我每次都会收到以下错误。

图书馆(“rpubchem”)

get.cid(46926545)
do.call(cbind, unlist(Filter(function(x) !is.null(x), cvals) 中的错误:第二个参数必须是列表

谁能指出我做错了什么。cid 的链接是“ https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/compound/46926545#section=Top

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json - 如何解析这样的 JSON 文件?

我想解析这个 JSON 文件

用第二列作为 Canonical SMILES 和第三列作为 Isomeric SMILES 得到类似的东西。

有人可以告诉我如何在 jq 中以最好的方式做到这一点吗?

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python-3.x - 无论如何在python中调用PubChem API?

我一直在使用 PubChem API 将化学微笑转换为结构,但仍然有错误。

这是我尝试使用 PIL 图像和 TKinter 的 google colab

https://colab.research.google.com/drive/1TE9WxXwaWKSLQzKRQoNlWFqztVSoIxB7

我想要的输出应该是这样的结构格式

https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/rest/pug/compound/smiles/O=C(N1C=CN=C1)N2C=CN=C2/PNG?record_type=2d&image_size=large

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javascript - 从 pubchem 下载 json 文件

我的任务是仅使用查询字符串(例如 h2o)和 JS 从网站(pubchem)下载 json 文件。我知道可以进行解析,但是代码太多了,因为我需要解析很多页面才能获得目的地。有没有其他选择可以解决这个问题?使用谷歌没有给我任何想法):

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javascript - 如何加快对服务器的请求?(PUGREST.超时)

我遇到了与服务器请求时间相关的问题。在某些情况下(例如 C2H4),它会在 5-10 秒后给出结果(太慢了),在其他情况下(例如 C9H8O4)它会因超时错误而失败。显然,这两种结构的日期重量大致相同。我究竟做错了什么?

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database - 具有相关特性的化学品数据库?

我认为 pubchem 在这里有我需要的东西,我想要一个数据库,它是 - 或可以转换为 - 化学标识符表:学校项目的一系列属性。问题是,pubchem 太大,他们提供的唯一我知道如何解码的文件是 XML(他们还提供 SDF 和 ASN,链接如下:ftp: //ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pubchem/ Substance/CURRENT-Full/ ),并且我没有足够的 RAM 在文本编辑器中打开 XML。

我可以使用其他数据库吗?

有没有办法在加载 XML 文件之前将它们分割成更易于管理的部分?

一旦我拥有任何可打开形式的数据,我就可以用代码对其进行解析,因此数据过多而无法阅读不是问题。

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python - 如何在 PubChemPy 中使用 searchtype 选项

我试图运行代码

但是,它没有用。

此代码与文档(“https://pubchempy.readthedocs.io/en/latest/guide/searching.html#advanced-search-types”)中显示的代码完全相同。

另一个代码,例如pcp.get_compounds('Aspirin', 'name', record_type='3d')在同一页面中显示的代码。

请给我一些有关如何解决此错误的建议。

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python - 类型错误:get_properties() 缺少 1 个必需的位置参数:“标识符”

我一直在尝试使用 PubChemPy 在 python 上找出这个错误,但我被卡住了。我正在尝试输入化学品列表并生成 Canonical Smiles 信息以获取大约 200 种化学品的列表。这是我正在使用的代码

任何帮助,将不胜感激

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python - IndexError:列表索引超出范围。对于 Stitch API,当我使用 python 做 API 时,对于一些输入,我得到输出,只有最后一行有索引错误

我是编程新手。我正在尝试使用 STITCH API 查找化学品的目标。当我运行代码时,对于列表中的某些输入,我得到了输出。但最后,几行显示上面引用的索引错误(例如,如果我有 10 个输入 ID,我得到其中 7 个的输出,其他三个不会运行,因为我得到索引错误)。请在下面查看我的代码并帮助解决问题。我的输入是 PubChem CID 列表,仅此而已。