问题标签 [pheatmap]

我遇到了一个奇怪的错误。我不知道是因为 Shiny，还是 pheatmap，还是 RStudio，还是 plotly。

renderPlotly我需要在同一个 Shiny 应用程序中显示一个来自 pheatmap 的图和另一个图（带有）。两者必须在不同的导航栏上，并且仅在我按下按钮时才需要显示。

如果我绘制 pheatmap，然后绘制 plotly 图，然后返回到热图，只要按下应该生成它的按钮，热图就会消失。

此外，该地图不再适用于下一次运行（请参阅下面有关图形设备的评论）。

plotOutput如果我对图形使用法线而不是plotlyOutput（和 renderPlotly） ，则不会发生这种情况。

但是，现在地图绘制在 RStudio 的“绘图”面板上。

在调试时，我注意到在使用时plotlyOutout，周围有流氓图形设备。例如，当使用 时，使用in处的plotOutput断点显示“NULL”。 在同一断点处，使用 时，显示：plot(map_reactive)server.Rdev.list()
plotlyOutputdev.list()

在调试过程中使用 dev.off() 关闭设备并没有帮助（我不完全知道调试范围是如何工作的），但如果我在停止应用程序后这样做，一切都会再次运行。

这是代码：

用户界面：

服务器：

我有一个项目数据框，每个项目都有多个分类变量列。

我想使用 ggplot2 为每个测试列组合（test1 v test2、test1 v test3 等）生成一个热图。热图将在 x 侧具有该测试列（在本例中为 A、B、C）中的所有因素，在 y 侧具有其他测试的所有因素，热图中的框应根据具有该分类器组合的 id 计数。

例如在上面的输入中，如果我们在 test1 和 test2 之间有热图，那么在 test1 的 B 和 test2 的 A 的交点中的框将是最亮的，因为有 2 个 id 具有该组合。我希望使用这些热图来分析哪些测试与数据集最一致，但不能使用 Pearson 的 R 相关性，因为它们是分类变量。

我熟悉 ggplot，这就是为什么我更喜欢那个包的原因，但如果它在 pheatplot 中更容易，我可以学习它。

我正在使用 r 中的 pheatmap 生成热图。我正在绘制基于倍数变化上调或下调的错误发现率校正 p 值。我希望色阶从 -0.1 分级到 0。然后在 0 处切换颜色并再次从 0 分级到 0.1。如何使色标仅在一侧分级？

这是情节。我想摆脱紫色并在零处有一个清晰的边界。 热图

我有一个矩阵

并且有一个值比其他值高得多。因此，我想对图例栏使用对数缩放（1、10、100、1000，...）。

有没有可能用pheatmap包做到这一点？

编辑：我不想做log(mat)，我只希望颜色缩放条被缩放对数（1、10、100、1000，...）。

我一直在努力解决如何将 2 个或多个热图（热图）组合到最终图中，但没有成功。

pheatmap我使用这两个代码很容易地构建了一个热图：

但是，我绝不可以将两者都打印在一个图中。我想水平地看他们两个。但是，我的真实图形将由 16 个 pheatmap 组成，因此它们必须排列为 4 列和 4 行。

我试过par mfrow没有成功。

如何组合 pheatmap？

我知道有很多 R 包可以绘制热图，但我想用pheatmap

我遇到了一个非常奇怪的错误，可能是一个错误R 3.5.1或pheatmap

以下代码工作正常：

但以下不起作用：

一切看起来都很完美，但它给出了错误：

check.length("fill") 中的错误：'gpar' 元素 'fill' 的长度不得为 0

我重新加载Rstudio但问题仍然存在。的任何修改都会导致rownames无法df绘制图表。我也试过substr功能。有谁知道为什么会这样？

Pheatmaplibrary(pheatmap)采用 annotation_colors 在每个热图列的顶部添加标题 ID 颜色。

我想控制和编辑列标题的大小（红色和蓝色框）。

以下是我到目前为止所做的。

我想知道是否有人知道允许对热图进行部分行标记的包。我目前正在使用 pheatmap() 来构建我的热图，但我可以使用任何具有此功能的包。

我有很多行差异表达基因的图，我想标记其中的一个子集。有两件主要的事情需要考虑（我能想到的）：

• 文本注释的位置取决于行的高度。如果行太窄，那么文本标签将不明确，没有某种指针。
• 如果多个相邻的行很重要（即将被标记），那么这些将需要偏移，并且再次需要一个指针。

下面是一个部分解决方案的示例，它实际上可能只到了一半，但我希望能说明我想要做的事情。

以下是一些输出：

原始热图：

好的标签：

好的标签，带有标志：

标签太多

标签太多，带有标志

“带有标志”的输出是期望的最终结果。
我只是将这些保存为来自 Rstudio 绘图查看器的图像。我认识到我可以将它们保存为 pdf 并提供更大的文件大小来消除标签重叠，但是单个单元格会比我想要的大。

我正在尝试创建热图。每个人在 6 个时间点上具有三个二元变量（ecz、whz、rhi）。附加的热图根本没有信息，因为我想看看变量是如何同时发展的。

对于每个单独的行），我希望每个人在每个时间点有 3 行，用 3 种不同的颜色来代表每种症状。这些列将代表 6 个时间点中的每一个。

如果有任何帮助，我将不胜感激！

这是我的数据：

以下是附加热图的代码：

我有我的矩阵，我准备使用pheatmapR 中的包绘制热图。

我的矩阵是这样的：

如果我不对列进行聚类，热图会将列排序为 A、B 和 C。如果我想将顺序设置为 B、C、A，该怎么办？

我试过了：

但它不起作用。