问题标签 [bed]

我正在处理床文件，我想对特定大小范围内的行进行子集化。我只对“chromEnd - chromStart”在 140-160 范围内的行感兴趣。

例如，对于以下床文件，我想对第二行和第五行（10229-10082 = 147和65133-64976 = 157）进行子集化：

有没有办法对这些行进行子集化？

我正在尝试使用床文件（自制）从基因组中提取 fasta 序列。床文件看起来像这样（标签分隔）：

我正在运行带有选项强制搁浅（-s）的bedtools getfasta，但这不起作用。我得到的输出没有按应有的方式考虑股线。有什么建议么 ？

谢谢！

我有一些来自不同公司提供外显子组测序试剂盒的 .bed 文件。

我想要一个总结所有这些套件的所有目标区域的文件。.bed 文件具有由三列（chr#、Start、End）组成的基本结构。

我想得到一个输出表，显示哪些基因组区域仅被这些试剂盒之一覆盖，哪些区域被多个（以及哪些）覆盖。说明这一点的最好方法是通过一个例子：

床文件 1

床文件 2

床文件 3

从这些文件中，我创建了一个包含所有目标区域的数据框，并按chr#和Start坐标对其进行排序。这是生成的数据框的样子：

我想合并和交叉文件以获得输出，该输出根据输入文件之间的重叠将区域划分为子区域。它应该看起来像这样：

我知道 Bioconductor 的 Granges 上可能有这样的功能，但我不熟悉该库及其功能。

任何帮助，将不胜感激。

我正在做一个项目，该项目需要我在输入中获取一些 .bed，从每个文件中提取一列，只获取某些参数并计算每个文件有多少个参数。我对 bash 非常缺乏经验，所以我不知道大多数命令。但是有了这行代码，它应该可以解决问题。

for FILE in *; do cat $FILE | awk '$9>1.3'| wc -l ; done>/home/parallels/Desktop/EP_Cell_Type.xls

我将这些值保存在 .xls 中，因为我需要用它们做一些图表。现在我想用 -ls 获取文件名并将它们保存在我的 .xls 的第一列中，而我的参数应该在我的 excel 文件的第二列中。我设法使用以下命令将所有内容保存在一列中：

ls>/home/parallels/Desktop/EP_Cell_Type.xls | for FILE in *; do cat $FILE | awk '$9>1.3'-x| wc -l ; done >>/home/parallels/Desktop/EP_Cell_Type.xls

我的示例文件是：A549.bed、GM12878.bed、H1.bed、HeLa-S3.bed、HepG2.bed、Ishikawa.bed、K562.bed、MCF-7.bed、SK-N-SH.bed 并且是包含在仅包含这些文件的文件夹中。

输出是所有文件名的列表和同一列上的值，如下所示：

但我需要的是这样的：

起初，这个线程可能看起来与遗传学有关，但问题实际上是基于 shell 脚本和编程的。我是编码新手，所以有人建议我在 SO 中寻求帮助。

我尝试将 NCBI GTF 文件与 PLINK tped 文件相交，目的是将染色体位置切换到 tped 文件中的基因位置（带有标识符、位置和核苷酸的文件）

所以，我做了以下步骤：

（由于文件大而复杂，查看文件结构的最佳方法是下载它）

最后我有不同列内容的文件：

然而，所需的结构应该是这样的：

是不是因为 NCBI GTF 文件不一致？它应该与我的示例文件成功相交，因此我可以将 NC 位置切换为基因名称和示例文件中的位置并保存 tped 文件结构。

谢谢！

我在 R 中有相当大的数据框，我需要将其转换为床文件。我使用下面的代码进行 df->bed 转换，但它非常慢。我想知道如何在 R 或 bash 中以更智能的方式更快地将 df 转换为 bed。

以下是示例数据框和床文件的前几行：

数据框：

床档：

代码：

谢谢！

我使用 pandas.to_csv() 通过执行以下操作将 pandas 数据帧转换为 BED 文件：

pd.to_csv('xxx.bed', index=False, sep='\t', header=None)

我想知道这是否可以成功地将数据框转换为床文件，或者我只是将数据框导出为 csv 文件。

我的问题看起来很像Marlin 2.0 Change Bed Size at Runtime，但我需要一个不同的答案。

我已经建造了一台机器，它的工作方式与 3D 打印机一样，3D 打印机控制器可以为我工作。除了我的床尺寸约为 650x950 毫米。

我已经连接了我的 MKS robin Nano V1.2 并且它可以工作......直到我达到 210 毫米然后固件阻止了进一步的移动。只能访问我的新机器不到 10% 的工作区域，这并不有趣！

210x210 毫米的床尺寸似乎在我的控制器中，我想改变它。