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更新：该错误仅在从 emacs 中登录 R 时发生

什么有效：

当我 ssh 进入远程服务器并运行时

$ ./foo.rb

从 bash shell，它可以工作。此外，如果我启动 R 并执行 $ R

系统（'./​​foo.rb'）

我在一个有权读取/写入/执行文件的组中。文件权限是-rwxrwx---

什么不起作用：

启动 emacs 并启动 R 会话：

  • M-x R

  • ssh-myserver:.

    系统（'./​​foo.rb'）

我收到以下错误：

ruby: Permission denied -- foo.rb (LoadError)

为什么是这样？有没有办法解决这个问题？

我找不到任何信息?system或?system2

这是 sessionInfo() 的输出

> sessionInfo()
R version 2.12.2 (2011-02-25)
Platform: x86_64-redhat-linux-gnu (64-bit)

locale:
[1] C

attached base packages:
[1] grid      stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods  
[8] base     

other attached packages:
 [1] PECAn_0.1.1      xtable_1.5-6     gridExtra_0.7    RMySQL_0.7-5    
 [5] DBI_0.2-5        ggplot2_0.8.9    proto_0.3-8      reshape_0.8.3   
 [9] plyr_1.6         rjags_2.2.0-2    coda_0.13-5      lattice_0.19-17 
[13] randtoolbox_1.09 rngWELL_0.9      MASS_7.3-11      XML_3.2-0       

loaded via a namespace (and not attached):
[1] digest_0.4.2
Warning message:
'DESCRIPTION' file has 'Encoding' field and re-encoding is not possible

来自 ssh 和 emacs 的“id”和“env”的输出，@sarnold 的每条评论（更改了用户名、组名和 IP 地址）

1. 服务器

1.1 '身份证'

 uid=1668(dleb) gid=1668(dleb) groups=117(ebusers),159(lab_admin),166(lab),1340(pal_web),1668(dleb)

1.2 '环境'

LC_PAPER=en_US.UTF-8
LC_ADDRESS=en_US.UTF-8
LC_MONETARY=en_US.UTF-8
SHELL=/usr/local/bin/system-specific
KDE_NO_IPV6=1
SSH_CLIENT=888.888.888.88 51857 22
NCARG_FONTCAPS=/usr/lib64/ncarg/fontcaps
LC_NUMERIC=en_US.UTF-8
USER=dleb
LS_COLORS=
LC_TELEPHONE=en_US.UTF-8
KDEDIR=/usr
NCARG_GRAPHCAPS=/usr/lib64/ncarg/graphcaps
MAIL=/var/mail/dleb
PATH=/usr/kerberos/bin:/usr/local/bin:/bin:/usr/bin:/opt/dell/srvadmin/bin
LC_IDENTIFICATION=en_US.UTF-8
LC_COLLATE=en_US.UTF-8
R_LIBS=/home/a-m/dleb/lib/R
PWD=/home/dleb
NCARG_ROOT=/usr
KDE_IS_PRELINKED=1
LANG=en_US.UTF-8
NCARG_DATABASE=/usr/lib64/ncarg/database
MODULEPATH=/usr/share/Modules/modulefiles:/etc/modulefiles
LOADEDMODULES=
LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8
NCARG_LIB=/usr/lib64/ncarg
SSH_ASKPASS=/usr/libexec/openssh/gnome-ssh-askpass
NCARG_NCARG=/usr/share/ncarg
SHLVL=1
HOME=/home/a-m/dleb
LOGNAME=dleb
CVS_RSH=ssh
SSH_CONNECTION=888.888.888.88 51857 999.999.999.99 22
LC_CTYPE=en_US.UTF-8
MODULESHOME=/usr/share/Modules
LESSOPEN=|/usr/bin/lesspipe.sh %s
DISPLAY=localhost:15.0
LC_TIME=en_US.UTF-8
G_BROKEN_FILENAMES=1
LC_NAME=en_US.UTF-8
_=/bin/env

emacs/ess R 会话

2.1 系统（'id'）

uid=1668(dleb) gid=1668(dleb) groups=117(ebusers),159(lab_admin),166(lab),1340(pal_web),1668(dleb)

2.2 系统（'env'）

LN_S=ln -s
R_TEXI2DVICMD=/usr/bin/texi2dvi
LC_PAPER=en_US.UTF-8
SED=/bin/sed
LC_ADDRESS=en_US.UTF-8
R_PDFVIEWER=/usr/bin/xdg-open
LC_MONETARY=en_US.UTF-8
HOSTNAME=ebi-forecast
R_INCLUDE_DIR=/usr/include/R
R_PRINTCMD=lpr
SHELL=/usr/local/bin/system-specific
TERM=dumb
AWK=gawk
HISTSIZE=1
R_RD4DVI=ae
SSH_CLIENT=888.888.888.88 51159 22
KDE_NO_IPV6=1
R_RD4PDF=times,hyper
R_PAPERSIZE=a4
NCARG_FONTCAPS=/usr/lib64/ncarg/fontcaps
PERL=/usr/bin/perl
LC_NUMERIC=en_US.UTF-8
SSH_TTY=/dev/pts/14
LC_ALL=C
EMACS=t
USER=dleb
LC_TELEPHONE=en_US.UTF-8
LS_COLORS=
LD_LIBRARY_PATH=/usr/lib64/R/lib:/usr/local/lib64:/usr/lib/jvm/jre/lib/amd64/server:/usr/lib/jvm/jre/lib/amd64:/usr/lib/jvm/java/lib/amd64:/usr/java/packages/lib/amd64:/lib:/usr/lib
TAR=/bin/gtar
ENV=
R_ZIPCMD=/usr/bin/zip
KDEDIR=/usr
PAGER=/usr/bin/less
NCARG_GRAPHCAPS=/usr/lib64/ncarg/graphcaps
R_GZIPCMD=/usr/bin/gzip
PATH=/bin:/usr/bin:/usr/sbin:/usr/local/bin
LC_COLLATE=en_US.UTF-8
LC_IDENTIFICATION=en_US.UTF-8
EGREP=/bin/grep -E
PWD=/home/a-m/dleb/pecan
INPUTRC=/etc/inputrc
R_LIBS=/home/a-m/dleb/lib/R
NCARG_ROOT=/usr
R_SHARE_DIR=/usr/share/R
WHICH=/usr/bin/which
EDITOR=vi
LANG=en_US.UTF-8
KDE_IS_PRELINKED=1
R_LIBS_SITE=/usr/local/lib/R/site-library:/usr/local/lib/R/library:/usr/lib64/R/library:/usr/share/R/library
M    ODULEPATH=/usr/share/Modules/modulefiles:/etc/modulefiles
NCARG_DATABASE=/usr/lib64/ncarg/database
LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8
LOADEDMODULES=
PS3=
R_BROWSER=/usr/bin/xdg-open
SSH_ASKPASS=/usr/libexec/openssh/gnome-ssh-askpass
NCARG_LIB=/usr/lib64/ncarg
HOME=/home/a-m/dleb
SHLVL=1
NCARG_NCARG=/usr/share/ncarg
R_ARCH=
TR=/usr/bin/tr
MAKE=make
R_UNZIPCMD=/usr/bin/unzip
LOGNAME=dleb
CVS_RSH=ssh
LC_CTYPE=en_US.UTF-8
SSH_CONNECTION=888.888.888.88 51159 999.999.999.99 22
R_BZIPCMD=/usr/bin/bzip2
MODULESHOME=/usr/share/Modules
LESSOPEN=|/usr/bin/lesspipe.sh %s
PROMPT_COMMAND=
R_HOME=/usr/lib64/R
DISPLAY=localhost:22.0
R_PLATFORM=x86_64-redhat-linux-gnu
INSIDE_EMACS=23.2.1,tramp:2.1.18-23.2
R_LIBS_USER=~/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/2.12
LC_TIME=en_US.UTF-8
R_DOC_DIR=/usr/share/doc/R-2.12.2
R_SESSION_TMPDIR=/tmp/RtmpqA6bpJ
HISTFILE=/home/a-m/dleb/.tramp_history
G_BROKEN_FILENAMES=1
LC_NAME=en_US.UTF-8
_=/bin/env
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2 回答 2

3

假设您以同一个用户身份启动 R，那么您就可以了。但是，您的错误不是来自权限问题foo.rb，否则您的shell会给出错误。（即sh: ./test.rb: Permission denied；见下面的例子）。在这里，红宝石本身给出了错误。在不确切知道您foo.rb的 .

#!/usr/bin/env ruby

puts 'Hello world'

现在在 R....

> system('ls -l test.rb')
-rw-r--r--  1 jcolby  staff  40 Oct 21 08:23 test.rb
> system('./test.rb')
sh: ./test.rb: Permission denied
> system('chmod a+x test.rb')
> system('./test.rb')
Hello world
于 2011-10-21T15:33:35.083 回答
2

我认为M ODULEPATH在 Emacs 派生的输出中只是一个复制和粘贴错字。

两个输出之间的差异env比我预期的要大得多；我选择了对我来说有点可疑的那些：

$ diff -u works fails
--- works   2011-10-24 15:04:02.000000000 -0700
+++ fails   2011-10-24 15:12:36.000000000 -0700
...
+LD_LIBRARY_PATH=/usr/lib64/R/lib:/usr/local/lib64:/usr/lib/jvm/jre/lib/amd64/server:/usr/lib/jvm/jre/lib/amd64:/usr/lib/jvm/java/lib/amd64:/usr/java/packages/lib/amd64:/lib:/usr/lib
...
-PATH=/usr/kerberos/bin:/usr/local/bin:/bin:/usr/bin:/opt/dell/srvadmin/bin
-PWD=/home/dleb
...
+PATH=/bin:/usr/bin:/usr/sbin:/usr/local/bin
...
+PWD=/home/a-m/dleb/pecan
...

在 emacs 派生的会话中，您的LD_LIBRARY_PATH环境变量可能会更改执行ruby. 如果您ssh进入您的服务器并foo.rb使用 changed 执行您的LD_LIBRARY_PATH，它是工作还是失败？

LD_LIBRARY_PATH=/usr/lib64/R/lib:/usr/local/lib64:/usr/lib/jvm/jre/lib/amd64/server:/usr/lib/jvm/jre/lib/amd64:/usr/lib/jvm/java/lib/amd64:/usr/java/packages/lib/amd64:/lib:/usr/lib ./foo.rb

PATH两个会话之间的环境变量不同；也许您有权执行/usr/local/bin/ruby（或 中的库/usr/local/lib/ruby/）但没有/usr/bin/ruby（或 中的库/usr/lib/ruby/）。您的脚本使用#!env ruby还是使用#!/usr/bin/ruby（或其他固定路径）？

您pwd的一个实例是/home/dleb，另一个/home/a-m/dleb/pecan- 但在两个系统上都HOME设置为。/home/a-m/dleb是/home/dleb符号链接还是它实际上与 分开存在/home/a-m/dleb？（这真的是在抓稻草——我不认为是这样，但这个问题令人费解。）

最后要考虑的一件事：您的服务器是否受限于AppArmor、SELinux、TOMOYO或SMACK等工具？这些强制访问控制工具中的任何一个都可以阻止应用程序在特定位置写入，也许它们还没有为您的站点配置。检查dmesg(1)输出以查看是否有任何拒绝消息，dmesg(1)如果auditd(8)没有运行，大多数或所有这些工具都会记录到。

于 2011-10-24T22:29:13.697 回答