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我已经在 conda 中安装了 vep，如下所示：

conda install ensembl-vep=105.0-0

然后我像这样安装了人类缓存：

vep_install -a cf -s homo_sapiens -y GRCh38 -c /mnt/gpfs/live/rd01__/ritd-ag-project-rd018o-mdflo13/refs/vep --CONVERT

但是当我尝试运行 vep 时出现错误：

vep --dir_cache /mnt/gpfs/live/rd01__/ritd-ag-project-rd018o-mdflo13/refs/vep \
   -i /mnt/gpfs/live/rd01__/ritd-ag-project-rd018o-mdflo13/data/test/manual/results/variants/cohort.norm_recalibrated.vcf \
   -o /mnt/gpfs/live/rd01__/ritd-ag-project-rd018o-mdflo13/data/test/manual/results/variants/cohort.norm_recalibrated_vep.vcf

难道我做错了什么？？

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我有这个工作。缓存进入 vet 主目录，如下所示：

vep_install -a cf -s homo_sapiens -y GRCh38 -c /mnt/gpfs/live/rd01__/ritd-ag-project-rd018o-mdflo13/refs/vep —CONVERT

我得到了是这样的工作：

vep --cache --dir_cache "/mnt/gpfs/live/rd01__/ritd-ag-project-rd018o-mdflo13/conda/envs/bioinfo/share/ensembl-vep-105.0-0" \
   -i "/mnt/gpfs/live/rd01__/ritd-ag-project-rd018o-mdflo13/data/test/manual/results/variants/cohort.norm_recalibrated.vcf" \
   -o "/mnt/gpfs/live/rd01__/ritd-ag-project-rd018o-mdflo13/data/test/manual/results/variants/vep_output.txt"
于 2022-01-21T22:23:04.393 回答