python - 将 pybedtools 与 BEDTools 静态二进制文件一起使用

Question

我想pybedtools在我正在编译成可执行文件的 python 程序中使用pyinstaller. 目的是该可执行文件将包含运行程序所需的所有文件，包括BEDtools作为二进制文件发送。但是，当我尝试使用下面的代码运行 pybedtools 时，我得到一个 NotImplementedError，这意味着 pybedtools 不适用于这种方法。是否可以运行 pybedtools 包装这样的二进制文件？是set_bedtools_path不是适合这个问题的工具？

示例代码：

import os
import pybedtools

pybedtools.helpers.set_bedtools_path(os.path.join(
    os.path.dirname(os.path.realpath(__file__)), 'bedtools.static.binary'))

a = pybedtools.example_bedtool('a.bed')
b = pybedtools.example_bedtool('b.bed')
print(a.intersect(b))

Answer 1

我找不到使用静态二进制文件完成此任务的方法。然而，一个等效的（虽然可能稍微不那么优雅）的解决方案是从 bedtools 网站下载 .tar 存档，从源代码编译它，将整个目录作为数据包含在内，并使用pybedtools.helpers.set_bedtools_path(...)将包指向 bedtools/bin/ 文件夹。