0

每当我使用时sc.pp.neighbors(adata)，我都会收到此消息（没有任何错误）：

在此处输入图像描述

我有：

scanpy==1.8.1

pynndescent==0.5.4

numba==0.54.0

umap-learn==0.5.1

anndata==0.7.6

我的数据集仅包含约 20,000 个单元格，因此使用这个相对较小的数据集我的内核死亡是很奇怪的。

我什至尝试使用 scanpy 的bbknn功能作为替代，我的内核也死了。

我也遇到了与 github 上的问题相同的问题：https ://github.com/theislab/scanpy/issues/1567但它还没有解决方案。

我试图在 cmd 而不是 jupyter-notebook 上运行代码并得到下一个错误：

LLVM ERROR: Symbol not found: __svml_sqrtf8

我应该怎么做才能正确运行此功能？

4

1 回答 1

0

@Iguananaut的上述评论对我有用：

如果您可以在 Jupyter Notebook 之外重现该问题，那么相对于 Jupyter 的使用而言，这并不是真正的问题，并且可以避免该标签。问题出在其他地方。该问题可能与 numba 有关，并且可能与预编译的 numba 与系统上安装的其他库之间的不兼容有关。我想知道如果您设置环境变量是否会有所帮助NUMBA_DISABLE_INTEL_SVML=1

我创建了一个新的环境变量，如下所示：

  • 变量的名称：NUMBA_DISABLE_INTEL_SVML
  • 变量值：1

这然后允许我运行umap。在我在终端窗口中看到相同的错误之前：

Symbol not found: _svml_sqrtf8
于 2021-12-22T16:53:21.510 回答