我试图用我的基因表达数据集运行 scanpy 的邻居函数:
import scanpy as sc
sc.pp.pca(adata)
sc.pp.neighbors(adata)
并得到这个错误:
C:\Users\User\anaconda3\lib\site-packages\numba\core\cpu.py:77: UserWarning: Numba 扩展模块 'sparse._numba_extension' 由于 'ContextualVersionConflict((llvmlite 0.33.0+1 .g022ab0f (c:\users\User\anaconda3\lib\site-packages), Requirement.parse('llvmlite<0.38,>=0.37.0rc1'), {'numba'}))'。numba.core.entrypoints.init_all()
llvmlite==0.33
然后,由于此错误
,我尝试更新我的版本,但又pip install llvmlite --upgrade
遇到了另一个错误:
错误:-umba 0.50.1 要求 llvmlite<0.34,>=0.33.0.dev0,但您将拥有不兼容的 llvmlite 0.37.0。错误:无法卸载“llvmlite”。这是一个 distutils 安装的项目,因此我们无法准确确定哪些文件属于它,这只会导致部分卸载。
Python 不允许我升级llvmlite
到较新的版本,因此我不能使用 scanpy 的函数。我尝试更新numba
,尝试重新安装所有内容,但没有任何效果。
为了解决这个问题应该怎么做?