python - 在 scanpy 中执行 sc.tl.rank_genes_groups 后将基因列表导出到 .csv

Question

我对 Python 和 Scanpy 比较陌生，最近我通过使用

sc.tl.rank_genes_groups

scanpy 中的函数。然后我可以通过执行此命令集将这些基因列在控制台中

    result = adata_subset.uns['rank_genes_groups']
`   groups = result['names'].dtype.names
    pd.DataFrame(
    {group + '_' + key[:1]: result[key][group]
    for group in groups for key in ['names','logfoldchanges','pvals','pvals_adj']})'

但是，我希望可以通过 csv 文件访问它，因为这个列表没有显示所有基因......任何帮助将不胜感激！提前致谢

Answer 1

创建数据框后，您只需使用 to_csv 函数：

result = adata_subset.uns['rank_genes_groups']
groups = result['names'].dtype.names
df = pd.DataFrame(
{group + '_' + key[:1]: result[key][group]
for group in groups for key in ['names','logfoldchanges','pvals','pvals_adj']})
df.to_csv('path/to/file.csv')