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我有两组数据要调查。第一个是给定不同“细胞状态”的基因/基因组相关数据。第二组数据是将基因与生物途径相关联。我相信我的问题是关系数据库问题。

'我如何显示与一个数据框相关的数据并将其与另一个相关联。换句话说，我想绘制细胞状态数据并将其与通路及其特定基因相关联。（我认为在图片中是这样。）
dataframe1 -来自 affymetrix 基因芯片
基因的数据，cell-state1，cell-state2...
gene1，x1，y1，...
gene2，x2，y2，...
基因.x, ... ...

"1""gene" "log_b" "log_b_rich" "Fc_cdt_rich_tot" "fc_Etoh_CDT_tot_mono" "fc_Etoh_CDT_tot_poly" "fc_Etoh_CDT_mono_poly" "fc_Etoh_Rich_tot_mono" "fc_Etoh_Rich_tot_poly" "fc_Etoh_Rich_mono_poly" "2" "PHF13" -2.712616698 -1.47923545 -0.791138043 -0.549610558 0.143808182 0.69341874 0.320812876 1.089260116 0.76844724
" 3“ spsb1” -1.808348454 -1.965601198 -1.349135752 -0.780105329 0.410647447 1.190752776 0.587796 0.587796 1.260350195

0.6750195 ---------------------------------------------------------------------------------------------- . 通路3，基因-z1，... "1" "KEGG_GLYCOLYSIS_GLUCONEOGENESIS" "PHF13"




“LDHB” “LDHA” “PGAM1” “ADH1C” “PGAM2” “ADH1B” “ADH1A” “ACSS2” “PDHB” “ACSS1” “PGAM4” “PDHA2” “PDHA1” “LDHAL6B” “PFKL” “LDHAL6A” “FBP1” ""PFKP""ALDH3B2""FBP2""PFKM""ALDH3B1""PGM2""G6PC""ALDH7A1""ALDH1B1""PKM2""PGM1""DLD""PKLR""ALDH9A1""ALDOA""ALDOC"" ALDOB""ADH5""HK2""HK1""ADH6""ADH7""ALDH3A2""G6PC2""ALDH3A1""GALM""TPI1""AKR1A1"“ADH4” “HK3” “ALDH1A3” “ENO2” “ENO3” “GAPDH” “ENO1” “BPGM” “DLAT” “PCK2” “PCK1” “GPI” “GCK” “ALDH2” “PGK1” “PGK2”
“2 " "KEGG_CITRATE_CYCLE_TCA_CYCLE" "PHF13" "OGDHL""OGDH""PDHB""IDH3G""LOC283398""IDH2""IDH1""PDHA2""PDHA1""SUCLA2""FH""DLST""ACO2""SUCLG2"" ACO1"

"PHF13"突出显示以显示每个步骤中的相关性。“ENO3”“GAPDH”“ENO1”“BPGM”“DLAT”“PCK2”“PCK1”“GPI”“GCK”“ALDH2”“PGK1”“PGK2” “2” “KEGG_CITRATE_CYCLE_TCA_CYCLE” “PHF13” “OGDHL”“OGDH ““PDHB”“IDH3G”“LOC283398”“IDH2”“IDH1”“PDHA2”“PDHA1”“SUCLA2”“FH”“DLST”“ACO2”“SUCLG2”“ACO1” “PHF13”突出显示每个步。“ENO3”“GAPDH”“ENO1”“BPGM”“DLAT”“PCK2”“PCK1”“GPI”“GCK”“ALDH2”“PGK1”“PGK2” “2” “KEGG_CITRATE_CYCLE_TCA_CYCLE” “PHF13” “OGDHL”“OGDH ““PDHB”“IDH3G”“LOC283398”“IDH2”“IDH1”“PDHA2”“PDHA1”“SUCLA2”“FH”“DLST”“ACO2”“SUCLG2”“ACO1” “PHF13”突出显示每个步。“ALDH2”“PGK1”“PGK2” “2” “KEGG_CITRATE_CYCLE_TCA_CYCLE” “PHF13” “OGDHL”“OGDH”“PDHB”“IDH3G”“LOC283398”“IDH2”“IDH1”“PDHA2”“PDHA1”“SUCLA2”“FH突出显示“DLST”“ACO2”“SUCLG2”“ACO1” “PHF13”以显示每个步骤中的相关性。“ALDH2”“PGK1”“PGK2” “2” “KEGG_CITRATE_CYCLE_TCA_CYCLE” “PHF13” “OGDHL”“OGDH”“PDHB”“IDH3G”“LOC283398”“IDH2”“IDH1”“PDHA2”“PDHA1”“SUCLA2”“FH突出显示“DLST”“ACO2”“SUCLG2”“ACO1” “PHF13”以显示每个步骤中的相关性。PDHA2” “PDHA1” “SUCLA2” “FH” “DLST” “ACO2” “SUCLG2” “ACO1” “PHF13”被突出显示以显示每个步骤中的相关性。PDHA2” “PDHA1” “SUCLA2” “FH” “DLST” “ACO2” “SUCLG2” “ACO1” “PHF13”被突出显示以显示每个步骤中的相关性。

我想做的是，看看'cell-state1'（in-）是否激活了'cell-state2'的不同基因/途径。此外，我想测试特定通路的细胞状态 1 Vs 2 之间的相关性（t 检验和图形） 。

我的问题是，哪些命令或方法可以让我最容易/最有效地做到这一点：合并还是使用虚拟变量？

高温高压

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我想做的是，看看'cell-state1'（in-）是否激活了'cell-state2'的不同基因途径。

这听起来像你需要的是一个因素分析。你可以问问statistics.stackexchange.com的好人。

于 2011-07-27T13:59:03.980 回答