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我已经在 PyCharm 中安装了 scanpy 和所有必要的相关包（表、numpy 等），但是当我尝试导入 scanpy 时，我收到以下错误：

ImportError: dlopen(/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.9/lib/python3.9/site-packages/tables/utilsextension.cpython-39-darwin.so, 2): Library not loaded: @rpath/libhdf5.103.dylib
  Referenced from: /Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.9/lib/python3.9/site-packages/tables/utilsextension.cpython-39-darwin.so
  Reason: image not found

当我尝试导入表时会出现相同的错误，因此这似乎是导入该包（scanpy 依赖于该包）更根本的问题。我已经尝试卸载并重新安装 scanpy 和表，以及 PyCharm 本身，但我继续收到此错误。

我是新手，老实说，我什至不知道如何解释上面的错误消息或解决这个问题。libhdf5.103.dylib 是否应该存储在其他地方？看起来 libhdf5.103.dylib 当前存在于我计算机上的 usr > opt > anaconda3 > lib 下。还有别的问题吗？

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我遇到过同样的问题。从 conda 安装 pytables 解决了这个问题

conda install -c anaconda pytables

然后我使用 pip 安装了 scanpy

于 2021-06-17T16:30:51.003 回答
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Neuronur 工作的诀窍。如果您想节省一些存储空间，使其工作的基本方法是在您的环境中创建符号链接： ln -s /Users/yourLocalUserName/miniconda3/envs/your_envs_name/lib/libhdf5.dylib /Users/yourLocalUserName/miniconda3/envs/your_envs_name/lib/libhdf5.103.dylib

ln -s /Users/yourLocalUserName/miniconda3/envs/your_envs_name/lib/libhdf5_cpp.dylib /Users/yourLocalUserName/miniconda3/envs/your_envs_name/lib/libhdf5_cpp.103.dylib

于 2021-08-20T05:41:42.710 回答