shell - shell 中的 sed 函数应用于目录中的所有 .gff 文件

Question

我正在处理 .gff3 文件，试图删除目录中许多文件底部的重叠群序列。重叠群序列用##FASTA 与文件的其余部分分开，我希望删除下面的所有内容（DNA 序列，FASTA 格式）。

此脚本适用于一个文件：

sed '/^##FASTA$/,$d' file1.gff > file1_altered.gff

但是当我尝试将它应用于这样的目录中的所有文件时失败了：

for F in directory/input/*; do
   N=$(basename $F) sed '/^##FASTA$/,$d' ${F} > directory/output/$N.gff
done

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Answer 1

您在 . 之后缺少一个分号N=$(basename $F)。它的编写方式是它只是一次赋值，即N在重定向中使用时为空。

basename如果使用 shell 的内置字符串处理，则可以完全避免使用：${F##*/}删除匹配的最长左侧部分*/。

 for F in directory/input/*; do
   sed '/^##FASTA$/,$d' "${F}" > "directory/output/${F##*/}.gff"
 done