所以我一直试图在森林图中可视化我的 Cox 模型结果,但不断收到错误Error in
[.data.frame (data, , var) : undefined columns selected
。这对我来说似乎有点奇怪。定义模型并给出摘要,它是正常打印的,似乎没有什么问题。此外,该模型既不包含strata()
也不包含tt()
对象。经过一番谷歌搜索后,这似乎是一个不时发生的错误,但我找不到任何令人满意的、有效的解决方案来管理它。鉴于所有其他功能都运行良好,我很确定这实际上不是数据本身的问题。
另外,我也很高兴有任何建议可以提供有关结果的信息性概述,尤其是当我的其他一些模型包含分层时,ggforest 似乎不支持。
编辑:我发现了问题:只要我ID
在 coxph 函数中指定参数,我就会得到未定义的列选择错误。
duration_analysis_10 <- coxph(formula = Surv(start1, stop1, event) ~ Var1 +
Var2 +
log(Var3)+
Var4 + Var5 +
Var6 +
Var7 + Var8 +
Var9 + Var10 +
var11 + Var12 +
Var13,
ties = "efron", na.action = na.exclude,
id = CountryName,
data = df)
eha 包中的可重现样本:
oldmort <- arrange(oldmort, id)
oldmort$event <- ifelse(oldmort$event == "TRUE",
1, 0)
oldmort$sex <- ifelse(oldmort$sex == "female",
1, 0)
oldmort$id <- as.character(oldmort$id)
oldmorttest <- coxph(formula = Surv(enter, exit, event) ~ imr.birth + sex,
ties = "efron", na.action = na.exclude,
id = id,
data = oldmort)
summary(oldmorttest)
ggforest(oldmorttest, data = oldmort)