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我正在尝试使用and可视化一组.dicom文件。pydicomipyvolume

我曾经pydicom读取文件，然后按它们的位置对它们进行排序，并将切片转换为 3D 数组。ipyvolume.pylab.plot_isosurface()虽然我不确定这是否是可视化医学图像的正确方法（它都是具有相同不透明度和颜色的实心像素），但我可以绘制数据的 3D 模型。我也试过ipyvolume.pylab.volshow()，但没有奏效。

有没有正确的方法来可视化医学图像ipyvolume？或者这只是不适合的图书馆？

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我没有使用过 ipyvolume，但查看文档应该能够可视化 DICOM 图像集。

如果您想尝试其他软件包，我使用 SimpleITK 加载 DICOM 图像，并使用 itkwidgets 在 Jupyter 笔记本中进行体积可视化。

这是一个加载 DICOM 系列并显示它的简单笔记本：

import SimpleITK as sitk
import itkwidgets

# Get the DICOM file names in the current directory
names = sitk.ImageSeriesReader.GetGDCMSeriesFileNames('.')

# Read the DICOM series
reader = sitk.ImageSeriesReader()
reader.SetFileNames(names)
img = reader.Execute()

itkwidgets.view(img)

如果目录中有多个 DICOM 系列，GetGDCMSeriesFileNames 有一个 seriesID 参数，您可以给它指定要加载的系列。

于 2020-08-12T18:33:51.573 回答
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DICOM 文件没有“体素”数据，因此您不能简单地在 3D 视图中绘制 dicom。您应该使用 dicom 系列的切片来估计体素数据。之后，使用诸如 Marching Cubes 之类的 3D 建模算法，您可以提取最终的 3D 模型。看看CTU。

于 2020-08-13T13:12:16.877 回答