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我有一个非常大的稀疏矩阵（4,941,643,682 个元素，内存中的 5.6Gb R 对象），我需要将其转换为 3 列 data.frame（行、列、值），然后将其转储到文本文件中以进行进一步处理。

我尝试过这里描述的“总结”方法，但没有成功（我之前曾在其他数据集中成功使用过这种方法）。由于数据的“S4 性质”，summary 方法不再返回矩阵，而只是这个描述。

> typeof(mat)
[1] "S4"
> summary(mat)
    Length      Class       Mode 
4941643682  dgCMatrix         S4

尝试将对象转换为矩阵也不起作用：

> matrix(mat)
Error in as.vector(.Call(Csparse_to_vector, x), mode) : 
  Cholmod error 'problem too large' at file ../Core/cholmod_dense.c, line 105

此数据来自我必须使用Seurat包打开的 hdf5 文件。

library(Seurat)
library(hdf5r)

tt<-ReadH5AD(file = "input.h5ad",assay = "RNA", layers = "data", verbose = TRUE)

mat<-GetAssayData(tt, assay="RNA",slot="data")

我也尝试过使用 Seurat::as.sparse() 函数，但它返回的 S4 对象类型与我无法转换为 data.frame 的类型相同。并且“as.data.frame”和“as.data.frame.matrix”试图创建一个 245k 列 x 20k 行的 data.frame。

是否有 S4 方法将稀疏矩阵转换为“行名”、“列名”、“值”数据帧？

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