我正在尝试使用 htseq-count 总结基因计数；它在每个基因上返回 0 个计数。我不确定我做错了什么；我认为这与我正在使用的基因标志有关。我已经尝试将 GTF 用于拟南芥 TAIR 10：我从以下网址获得：ftp : //ftp.ensemblgenomes.org/pub/release-46/plants/gtf/arabidopsis_thaliana/Arabidopsis_thaliana.TAIR10.46.gtf.gz作为 Araport 上可用的 GFF 文件。
我正在使用我知道具有基因表达值的各种 BAM 文件。
我在本地和银河上都尝试过到目前为止我尝试过的本地命令是：
python3 -m HTSeq.scripts.count --idattr=gene_id #bam #gtf > summary.txt
python3 -m HTSeq.scripts.count -i gene_id #bam #gff > summary.txt
python3 -m HTSeq.scripts.count -i locus_tag #bam #gff > summary.txt
python3 -m HTSeq.scripts.count -i ID #bam #gff > summary.txt
python3 -m HTSeq.scripts.count -i SeqID #bam #gff > summary.txt
python3 -m HTSeq.scripts.count -i Parent #bam #gff > summary.txt
我在galaxy上做过同样的事情；输入 -i 值。
关于我哪里出错的任何帮助都会很棒。
谢谢！