r - 查询 biomart 时出现内部服务器错误？

Question

使用 biomaRt 包执行 R 命令时，我经常收到错误“内部服务器错误 (HTTP 500)”。使用基本命令，例如

ensembl<-useMart("ensembl")
ensembl <- useMart("ensembl", dataset="hsapiens_gene_ensembl")

但是，这些命令有时会起作用。我不确定这是否是 Biomart 服务器端的问题，或者是否有什么可能导致我端出现问题，例如旧包（我尝试重新安装 Biomart）。有没有人处理过类似的问题？

Answer 1

我通过将镜像参数设置为“useeast”来规避这个问题。有效的镜像选项是“www”、“uswest”、“useast”、“asia”。如果未指定镜像，则将使用 www.ensembl.org 上的主站点（看起来它们在主站点上过载）。

ensembl = useEnsembl(biomart = "ensembl", dataset = "hsapiens_gene_ensembl", mirror = "useast")