rdkit - RDKIT：组合/添加粒子

Question

我有一个大环和共价有机笼的数据库，我希望在其中将分子/离子添加到空腔中。我需要通过 RDKIT 做到这一点。有没有简单的方法来完成这项任务？

例如：

from rdkit import AllChem

guest = [x_value, y_value, z_value]
cage = AllChem.MolFromMolFile('cage_file.mol')

cage_guest = cage+guest (along the lines of)

然后我希望能够以cage_guest通常的方式操纵。

Answer 1

我认为这在 rdkit 中是不可能的。你应该看看stk，它使用 rdkit 来构建有机笼子。这似乎是您需要的系统。