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我正在运行 C++ 程序 STAR ( https://github.com/alexdobin/STAR )，这在我的研究领域中很常见。

当我在我的服务器上运行这个软件时，一切都很好。

当我在另一台服务器（FS= luster）上运行相同的软件时，程序冻结

我的命令行是：

/path/to/star/STAR-2.7.1a/source/STAR --genomeDir /path/to/reference/ \
        --readFilesIn jeter1.fastq.gz jeter1.fastq.gz \
        --readFilesCommand gunzip -c  --outReadsUnmapped None --outSAMattributes All  |\
        head -n 1000

我用strace看看发生了什么：

   (...)

   rt_sigprocmask(SIG_SETMASK, [], NULL, 8) = 0
   --- SIGCHLD {si_signo=SIGCHLD, si_code=CLD_EXITED, si_pid=54748, si_uid=24382, si_status=0, si_utime=0, si_stime=0} ---
   getxattr("./_STARtmp//readFilesIn.info", "security.shook_state", 0x7ffd5a10b6c0, 1024) = -1 ENODATA (No data available)
   open("./_STARtmp//readFilesIn.info", O_RDONLY) = 7
   read(7, "-rw-r-----. 1 lindenbp fg0073 10"..., 8191) = 66
   read(7, "", 8191)                       = 0
   close(7)                                = 0
   write(6, "exec > \"./_STARtmp/tmp.fifo.read"..., 82) = 82
   lseek(6, 0, SEEK_SET)                   = 0
   read(6, "exec > \"./_STARtmp/tmp.fifo.read"..., 8191) = 82
   read(6, "", 8191)                       = 0
   write(3, "-rw-r-----. 1 lindenbp fg0073 10"..., 172) = 172
   close(6)                                = 0
   chmod("./_STARtmp//readsCommand_read1", 0700) = 0
   vfork()                                 = 54750
   --- SIGCHLD {si_signo=SIGCHLD, si_code=CLD_EXITED, si_pid=54750, si_uid=24382, si_status=0, si_utime=0, si_stime=0} ---
   getxattr("./_STARtmp/tmp.fifo.read1", "security.shook_state", 0x7ffd5a10b6c0, 1024) = -1 ENODATA (No data available)
   open("./_STARtmp/tmp.fifo.read1", O_RDONLY ######### <= FREEZES HERE
   (...)

所以我认为它在这里冻结了（？）：https ://github.com/alexdobin/STAR/blob/bb207df0cb62560c9194247a0480182ccbe1dca5/source/Parameters_openReadsFiles.cpp#L38当软件gunzip -c为压缩的输入文件创建另一个进程时。

我还尝试使用将 tmp 目录指定为“/tmp”的选项，但得到了相同的结果。

什么可以解释这种行为，有没有办法解决它？

谢谢

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1 回答 1

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我得到了作者的回答https://github.com/alexdobin/STAR/issues/687

该程序生成了一个缺少 shebang 声明的 shell 脚本：这阻止了 fifo 流的工作。

于 2019-07-22T18:51:39.807 回答