image-processing - 如何从 3D 图像中删除小物体？

Question

你看到了吗？有一些小物体散布在大脑下方。我想删除它们以获得一个完整的清洁大脑。

在 Numpy 中，3D 图像可以表示为 3D 数组。

下面是一种去除二维图像中小物体的方法。

from skimage import morphology
img_size = img.shape[0] * img.shape[1]
new_img = morphology.remove_small_objects(img, img_size*0.1)

Answer 1

这是我的解决方案：

from skimage import morphology

    def remove_small_objects(img):
        binary = copy.copy(img)
        binary[binary>0] = 1
        labels = morphology.label(binary)
        labels_num = [len(labels[labels==each]) for each in np.unique(labels)]
        rank = np.argsort(np.argsort(labels_num))
        index = list(rank).index(len(rank)-2)
        new_img = copy.copy(img)
        new_img[labels!=index] = 0
        return new_img