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我正在尝试安装 Biomart 包，我使用了以下代码：

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
    biocLite("biomaRt")
    library("biomaRt")

我收到此警告消息：

Warning messages:
1: In install.packages(pkgs = doing, lib = lib, ...) :
  installation of package ‘curl’ had non-zero exit status
2: In install.packages(pkgs = doing, lib = lib, ...) :
  installation of package ‘openssl’ had non-zero exit status
3: In install.packages(pkgs = doing, lib = lib, ...) :
  installation of package ‘XML’ had non-zero exit status
4: In install.packages(pkgs = doing, lib = lib, ...) :
  installation of package ‘RCurl’ had non-zero exit status
5: In install.packages(pkgs = doing, lib = lib, ...) :
  installation of package ‘httr’ had non-zero exit status
6: In install.packages(pkgs = doing, lib = lib, ...) :
  installation of package ‘biomaRt’ had non-zero exit status

请问有人帮忙吗？谢谢。

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1 回答 1

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这里的问题是 R 需要编译其他 R 包：curl, openssl, XML, RCurl. 为此，需要在您的 Linux 平台上安装一些开发库。

您通常可以猜到它们可能被称为什么：如果 R 包“XXX”有问题，您需要apt-cache search类似libXXX-dev. 通常，名称也包含一个数字。因此，您可以尝试，例如，从命令行：

sudo apt-get update
apt-cache search libcurl | grep dev

搜索libcurl开发包。

然后你可以安装它们，例如：

sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev

至少，我认为您需要以下内容：

sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev
sudo apt-get install libxml2-dev

然后再次尝试安装 R 包。注意任何错误消息，根据需要安装更多库，重复直到它工作。

使用适当术语的 Web 搜索应找到有关安装所需系统依赖项的更多信息。

于 2019-02-28T23:08:24.770 回答