我从 NIH GEO 下载了一个广泛的数据集,并试图将第一列中的 Ensembl 名称转换为 MGI 符号
我命名为 SOD 的表如下所示
我使用了以下代码:
setwd("C:/R/Project")
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("biomaRt", version = "3.8")
library(BiocManager)
library(biomaRt)
SOD<-read.csv("Static Organoid Data.csv")
names_only<-data.frame(SOD[,1])
mart <- useMart(biomart = "ensembl", dataset = "mmusculus_gene_ensembl")
Gene_list <- getBM(attributes = c("ensembl_gene_id", "mgi_symbol"),
values = names_only,
mart = mart)
View(Gene_list)
这会输出一个包含超过 55,000 行的 ensembl 和 MGI 符号列表。
我尝试添加filter = "ensembl_gene_id
到getBM
函数中,但输出有 0 行和 0 列。
我在这里做错了什么?