lammps - 有没有办法将 lammp_file.data 转换为 Gromacs 文件（top 和 gro），如果没有，则转换为 CHARMM 文件（psf 和 pdb）？

Question

我有一个 lammps_file.data，我需要将其转换为 Gromacs 文件（gro 和 top）来运行我的模拟。有谁知道如何做到这一点？另一种选择是从 lammps 转换为 charmm 文件（psf 和 pdb）。一旦我得到了 charmm 文件，我就可以使用 Topotools 来获取我需要的 gromacs 文件。

谢谢

Answer 1

确实，现在我自己也在尝试做同样的事情。到目前为止，您可以使用intermol，这应该可以很好地将 LAMMPS 数据文件转换为 Gromacs 文件。安装 intermol 并找到 intermol 转换器的路径后，您可以使用如下命令：

python2.7 $conv/convert.py --lmp_in topology.data --gromacs -v

检查您的数据文件的格式，我仍然无法转换它。

如果你想创建 psf 文件，你需要 VMD（google it），然后打开 tcl 终端并写入：

topo readlammpsdata topology.data full
animate write psf topology.psf

第一行用于加载您的 LAMMPS 数据文件，如果您位于该文件所在的文件夹中，则将数据第二次转换为 psf CHARMM

另外，你可以试试这个。在本文中，他们提供了一种将 CHARMM 拓扑转换为 gromacs 的工具。因此，您转换为 psf，然后转换为 gro top。