我一直在尝试使用igraphR 中的包来绘制一个网络，其中每对节点在 -4 和 4 之间具有加权关系（-4 表示“尽可能远”）当我最初绘制数据时，我是能够使用权重来注释链接粗细，但不影响布局。修剪“最差”的边缘会有所帮助，但会导致弱链接节点从图表中脱落，参见 #64 和 #119 这个示例，并且似乎不能很好地将“低”值节点分开。最终，我想要的是将节点绘制为接近“相似”节点，而远离不同节点。（编辑：更改数据文件中的Weighttoweight有帮助，将重新提出问题以更清楚地询问）
我的代码和我的示例日期文件在这里：https ://www.dropbox.com/s/kuqo3a8twa149gd/paris_rouen.zip?dl=0
datefile_base <- "paris_rouen_utrecht"
nodes <- read.csv(paste(datefile_base, "-nodes.csv", sep=""), header=T, as.is=T)
links <- read.csv(paste(datefile_base, "-edge.csv", sep=""), header=T, as.is=T)
library(igraph)
require(stats)
net <- graph_from_data_frame(d=links, vertices=nodes, directed=F)
simplify(net, edge.attr.comb=list(weight="sum","ignore"))
translucent <- rainbow(5, alpha=.5)
V(net)$color <- translucent[V(net)$UseNumber]
plot.new
cut.off <- quantile(links$Weight)["75%"]
net.sp <- delete_edges(net, E(net)[Weight<cut.off])
layout_with_fr(net.sp)
plot(net.sp)
legend("topleft", c("Paris","Rouen", "Utrecht", "Unknown"), pch=21,
col="#777777", pt.bg=translucent, pt.cex=2, cex=.8, bty="n", ncol=1)