python - 带有 .nii.gz 文件的医学成像 (PyRadiomics)

Question

我正在尝试实施该软件包：

https://pyradiomics.readthedocs.io/en/latest/usage.html

它看起来超级简单，但他们需要 .nrrd文件。我的文件是.nii.gz。我该如何解决这个问题？另外，有没有人尝试在 TCIA 数据上应用 PyRadiomics？如果是这样，我可以看看你的 github 或 Jupyter Notebook 吗？

非常感谢。

Answer 1

You could turn NII into numpy array firstly and then turn it into NRRD with using:

nrrd and nibabel

import numpy as np
import nibabel as nib
import nrrd

# Download NII
example_filename = "image.nii.gz"
image = nib.load(example_filename)

# Turn into numpy array
array = np.array(img.dataobj)

# Save NRRD
nrrd_path_to = "image.nrrd"
nrrd.write(image_path_to, array)

Answer 2

尽管示例在 .nrrd 中，但 PyRadiomics 使用 SimpleITK 进行图像操作。这允许 PyRadiomics 支持包括 .nii.gz 在内的各种图像格式。您不必转换它们。

Answer 3

DWIConverter [1] 将DICOM系列中的扩散加权 MR 图像 [2]nrrd转换为用于 Slicer 分析的格式。它解析DICOM标头以提取有关测量帧、扩散加权方向、b 值等的必要信息，并写出nrrd图像。对于非扩散加权DICOM图像，它会加载整个DICOM系列并成对写入单个DICOM体积。.nhdr/.raw

因此，使用此工具可以尝试将.nii.gz转换为DICOM文件中的格式。nrrd此外，您可以查看类似模块的SlicerDMRI [3]。

[1] Janson、Andrew P. 和 Christopher R. Butson。“使用交互式、特定于患者的模型针对神经元纤维束进行深部脑刺激治疗。” 可视化实验杂志：JoVE 138 (2018)。

[2] Ordidge，罗杰 J.，等人。“使用导航回波校正扩散加权 MR 图像中的运动伪影。” 磁共振成像 12.3 (1994): 455-460。

[3] Isaiah Norton、Walid Ibn Essayed、Fan Zhang、Sonia Pujol、Alex Yarmarkovich、Alexandra J. Golby、Gordon Kindlmann、Demiah Wassermann、Raul San Jose Estepar、Yogesh Rathi、Steve Pieper、Ron Kikinis、Hans J. Johnson、Carl -Fredrik Westin 和 Lauren J. O'Donnell。SlicerDMRI：用于脑癌研究的开源扩散 MRI 软件。癌症研究 77(21)，e101-e103，2017。