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我最近问了一个关于 lapply 的问题，但现在我改变了方法，遇到了更多我无法解决的问题。

这是我遇到问题的代码：

加载 biomart

library(biomaRt)

做 hsapiens 集市

ensembl_hsapiens <- useMart("ensembl", 
                        dataset = "hsapiens_gene_ensembl")

然后我提取人类基因：

hsapien_PC_genes <- getBM(attributes = c("ensembl_gene_id", "external_gene_name"), 
                      filters = "biotype", 
                      values = "protein_coding", 
                      mart = ensembl_hsapiens)

ensembl_gene_ID <- hsapien_PC_genes$ensembl_gene_id

设置物种向量

species <- c("mmusculus", "ggallus")

这一切都按预期工作，我在使用 lapply 时遇到问题

all_homologues <- lapply(species, function(s) getBM(attributes = c("ensembl_gene_id", 
                                                               "external_gene_name", 
                                                               get(paste0(s, "_homolog_ensembl_gene")), 
                                                               get(paste0(s, "_homolog_associated_ensembl_gene")), 
                                                               filters = "ensembl_gene_id", 
                                                               values = c(ensembl_gene_ID), 
                                                               mart = ensembl_hsapiens)))

我收到错误消息：

 Error in martCheck(mart) : 
  You must provide a valid Mart object. To create a Mart object use the function: useMart.  Check ?useMart for more information.

代码像这样完美地工作：

all_homologues <- getBM(attributes = c("ensembl_gene_id", "external_gene_name",  
                               "mmusculus_homolog_ensembl_gene", 
                               "mmusculus_homolog_associated_gene_name"),
                           filters = "ensembl_gene_id",
                           values = c(ensembl_gene_ID),
                           mart = ensembl_hsapiens)

但是我有很多物种，所以我希望能够使用一小段代码来提取物种的同源物，而不是必须为每个物种都重写。

我认为我在使用 lapply 时做错了，因为市场在不使用 lapply 时运行良好。

我之前的问题： 使用 biomart 的 lapply 问题

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1 回答 1

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在玩弄它之后，我设法通过使用它来让它工作：

all_homologues <- lapply(species, function(s) getBM(attributes = c("ensembl_gene_id", 
                                                               "external_gene_name", 
                                                               paste0(s, c("_homolog_ensembl_gene",
                                                                           "_homolog_associated_gene_name"))),
                                                filters = "ensembl_gene_id",
                                                values = c(ensembl_gene_ID),
                                                mart = ensembl_hsapiens))

虽然我不确定为什么？

于 2018-04-26T12:47:55.973 回答