r - R如何安装指定版本的生物导体包？

Question

我想使用的当前版本的包在 bioconductor 上失败了。然而，旧版本曾经可以工作。
我想知道如何安装特定版本的生物导体包？
提前致谢。

在我的例子中，这个包叫做 biomaRt，失败的版本是 2.34.2 而 2.34.0 是成功的。

Answer 1

我想要的软件包版本DESeq2是 1.24，位于 Bioconductor 版本 3.9 中。Bioconductor的当前发布版本是3.10，DESeq2版本是1.26。

因此，执行 aBiocManager::install("DESeq2")将产生版本 1.26。为了获得我想要的版本，我必须安装与 Bioconductor 3.9 版本兼容的软件包，使用

BiocManager::install(version = "3.9")

接着

BiocManager::install("DESeq2", version = "3.9")

这是我的一部分sessionInfo()。注意正确版本的 DESeq2。

> sessionInfo()
R version 3.6.2 (2019-12-12)
Platform: x86_64-redhat-linux-gnu (64-bit)
Running under: Fedora 31 (Workstation Edition)

Matrix products: default
BLAS/LAPACK: /usr/lib64/R/lib/libRblas.so

locale:
 [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8       LC_NUMERIC=C               LC_TIME=sl_SI.UTF-8        LC_COLLATE=en_US.UTF-8    
 [5] LC_MONETARY=sl_SI.UTF-8    LC_MESSAGES=en_US.UTF-8    LC_PAPER=sl_SI.UTF-8       LC_NAME=C                 
 [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C             LC_MEASUREMENT=sl_SI.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       

attached base packages:
[1] parallel  stats4    stats     graphics  grDevices datasets  utils     methods   base     

other attached packages:
 [1] data.table_1.13.2           DESeq2_1.24.0               SummarizedExperiment_1.14.1 DelayedArray_0.10.0        
 [5] BiocParallel_1.18.1         matrixStats_0.57.0          Biobase_2.44.0              GenomicRanges_1.36.1       
 [9] GenomeInfoDb_1.20.0         IRanges_2.18.3              S4Vectors_0.22.1            BiocGenerics_0.30.0

Answer 2

Bioconductor 在此处存储包档案：https ://bioconductor.org/packages/3.6/bioc/src/contrib/Archive/

1) 找到并下载您要安装的版本。
2) 按照 Eugène Adell 在评论中的建议，使用 R CMD INSTALL yourpackage_version_x.yztar.gz 安装它。
如果您在 bioconductor 存档中找不到特定版本，请尝试在包的 github 存储库中找到它。

Answer 3

尝试repos = c("https://bioconductor.org/packages/3.5/bioc", "other CRAN repos that might be needed")在调用中添加选项以install.packages安装以前版本的 Bioconductor 软件包。不建议从 tar.gz 存档安装特定版本，因为您最终可能会在 Bioconductor 安装中使用相互不兼容的软件包。