python - simple-itk：从单个 tiff 文件中读取序列

Question

我有一个包含一系列图像的 tif 文件。它是由 CT 扫描产生的 3D 像素体积。

但是用simple-itk读取图像后，只有一层：

reader = sitk.ImageFileReader()
reader.SetFileName("FILENAME.tif")
img = reader.Execute()

img.GetDepth()  # 0

arr = sitk.GetArrayFromImage(img)
arr.shape  #  (512, 512, 4)

如何配置 simple-itk 从 tif 文件中读取整个图像序列？

阅读 simple-itk 的文档展示了如何从文件序列中读取图像序列。这不是我需要的，3D 数据只有一个 tif 文件。

我可以使用 tifffile 模块读取此内容，它能够看到正确的切片数量，并且绘图看起来也不错。所以数据本身似乎是有效的。

恐怕这是医学数据，我不可能提供样本。我只是对相应的 simple-itk 文档感兴趣。

Answer 1

ITK 的 ImageIO 可能不完全支持 Tiff 标签。最好提供样本数据文件以确定 tiff 文件的结构。如果没有这些信息，可以使用命令行工具tiffinfo从 libtiff 工具中获取一些信息，以便共享以显示文件的结构。