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我试图弄清楚如何在其中使用纬度/经度布局，ggraph但似乎无法通过语法来工作。考虑使用从数据集中修改的一些数据的这个表示iris：

data <- structure(list(Sepal.Length = c(5.1, 4.9, 4.7, 4.6, 5, 5.4, 4.6, 
5, 4.4, 4.9, 5.4, 4.8), Sepal.Width = c(3.5, 3, 3.2, 3.1, 3.6, 
3.9, 3.4, 3.4, 2.9, 3.1, 3.7, 3.4), Lon = c(-122.683, -122.688, 
-122.686, -122.683, -122.678, -122.675, -122.674, -122.673, -122.676, 
-122.674, -122.677, -122.68), Lat = c(45.523, 45.52, 45.514, 
45.515, 45.513, 45.514, 45.517, 45.519, 45.519, 45.522, 45.524, 
45.521)), class = "data.frame", .Names = c("Sepal.Length", "Sepal.Width", 
"Lon", "Lat"), row.names = c(NA, -12L))

library(ggplot2)
library(igraph)
library(ggraph)

坐标位置的简单图如下所示：

ggplot(data, aes(x = Lon, y = Lat)) +
  geom_point(size = 6)

在此处输入图像描述

layout接受一个矩阵，所以我将在这里提取坐标并将其转换为矩阵：

spatial_layout <- layout.norm(as.matrix(data[,c(3,4)]))

然后data变成一个 igraph 对象：

igraph_data <- graph_from_data_frame(data)

如果我使用基本plot.igraph布局，则布局符合预期；每个点的空间坐标：

plot.igraph(igraph_data, layout = spatial_layout)

在此处输入图像描述

现在这是我遇到问题的地方。我宁愿ggraph利用ggplot2. 但是我不确定如何让它接受空间布局。这不起作用：

ggraph(igraph_data, spatial_layout) +
  geom_edge_link() +
  geom_node_point(color = "black", size = 9, pch = 1) +
  geom_node_text(aes(label = name))

create_layout.igraph(graph, layout, ...) 中的错误：未知布局

也不会尝试创建自定义布局：

create_layout(data, layout = "spatial_layout")

create_layout.default(data, layout = "spatial_layout") 中的错误：
没有为 data.frame 类的对象定义布局函数

手动将纬度/经度数据添加到 igraph 对象似乎也不起作用：

igraph_data$layout=cbind(E(igraph_data)$Lon,E(igraph_data)$Lat)
ggraph(igraph_data) +
  geom_edge_link() +
  geom_node_point(color = "black", size = 9, pch = 1) +
  geom_node_text(aes(label = name))

作为默认布局使用nicelydata.frame(..., check.names = FALSE) 中的错误：参数暗示不同的行数：12、17

所以最终我的问题是如何将空间数据添加到ggraph布局中？显然我在这里遗漏了一些东西，但我似乎无法找出正确的方法。

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我们可以使用ggraph::create_layout. 但首先，我们需要使空间坐标的数量与我们正在传递的图中的顶点数量相匹配。看起来像是plot.igraph在默默地回收你原来的布局。

# must have columns named x and y
data2 <-  data.frame(x = rep(spatial_layout[,1], length.out = 17),
                     y = rep(spatial_layout[,2], length.out = 17))

然后使用帮助页面?layout_igraph_manual作为后续参数名称的指南。

manual_layout <- create_layout(graph = igraph_data,
              layout = "manual", node.positions = data2)

注意：Error: 'layout_igraph_manual' is not an exported object from 'namespace:ggraph'当我直接调用该函数时会发出警告。

然后我们可以把它插入到原来的：

ggraph(manual_layout) + 
    geom_edge_link() +
    geom_node_point(color = "black", size = 9, pch = 1) +
    geom_node_text(aes(label = name))

在此处输入图像描述

默认情况下，轴限制不一样，但这是一个小+ xlim(-2.5,2.5)#ish调整。

于 2017-10-17T00:41:03.697 回答