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随着时间的推移和执行的继续,我们的 dask 调度程序进程似乎在内存中膨胀。目前我们看到它使用 5GB 的内存,这似乎很高,因为所有数据都应该存在于工作节点上:

  PID   USER      PR  NI    VIRT    RES    SHR S %CPU %MEM     TIME+ COMMAND
  31172 atoz      20   0 5486944 5.071g   7100 S 23.8 65.0  92:38.64 dask-scheduler

启动调度程序时,我们的内存使用量将低于 1GB。重新启动网络执行 client.restart() 似乎没有帮助,只有杀死调度程序进程本身并重新启动才能释放内存。

每个执行的单个任务的预期内存使用量是多少?调度程序真的只维护指向哪个工作人员包含未来结果的指针吗?

- - 编辑 - -

我认为我主要关心的是为什么 client.restart() 似乎没有释放调度程序进程使用的内存。我显然不希望它释放所有内存,而是回到基本水平。我们正在使用 client.map 在不同输入列表中执行我们的函数。执行后,一遍又一遍地重新启动客户端并拍摄调度程序内存的快照,我们看到以下增长: PID USER PR NI VIRT RES SHR S %CPU %MEM TIME+ COMMAND 27955 atoz 20 0 670556 507212 13536 R 43.7 6.2 1:23.61 dask-scheduler 27955 atoz 20 0 827308 663772 13536 S 1.7 8.1 16:25.85 dask-scheduler 27955 atoz 20 0 859652 696408 13536 S 4.0 8.5 19:18.04 dask-scheduler 27955 atoz 20 0 1087160 923912 13536 R 62.3 11.3 20:03.15 dask-scheduler 27955 atoz 20 0 1038904 875788 13536 S 3.7 10.7 23:57.07 dask-scheduler 27955 atoz 20 0 1441060 1.163g 12976 S 4.3 14.9 35:54.45 dask-scheduler 27955 atoz 20 0 1646204 1.358g 12976 S 4.3 17.4 37:05.86 dask-scheduler 27955 atoz 20 0 1597652 1.312g 12976 S 4.7 16.8 37:40.13 dask-scheduler

我想我只是惊讶于在执行 client.restart() 之后我们没有看到内存使用回到某个基线。

----进一步编辑---- 关于我们正在运行的更多信息,因为建议是如果我们传递大型数据结构,则将它们直接发送给工作人员。

我们发送一个字典作为每个任务的输入,当 json 转储字典时,大多数都在 1000 个字符以下。

---- 甚至进一步的编辑:转载问题---- 我们今天再次转载了这个问题。我关闭了调度程序并重新启动它,我们有大约 5.4 GB 的可用内存,然后我们运行我将在下面粘贴的函数,跨越 69614 个真正保存一些基于文件的信息的字典对象(我们所有的工作人员都映射到同一个NFS 数据存储,我们使用 Dask 作为分布式文件分析系统。

这是函数(注意:squarewheels4 是一个自制的惰性文件提取和分析包,它使用 Acora 和 libarchive 作为其基础,用于从压缩存档中获取文件并为文件编制索引。)

def get_mrc_failures(file_dict):
    from squarewheels4.platforms.ucs.b_series import ChassisTechSupport
    from squarewheels4.files.ucs.managed.chassis import CIMCTechSupportFile
    import re

    dimm_info_re = re.compile(r"(?P<slot>[^\|]+)\|(?P<size>\d+)\|.*\|(?P<pid>\S+)")
    return_dict = file_dict
    return_dict["return_code"] = "NOT_FILLED_OUT"
    filename = "{file_path}{file_sha1}/{file_name}".format(**file_dict)

    try:
        sw = ChassisTechSupport(filename)
    except Exception as e:
        return_dict["return_code"] = "SW_LOAD_ERROR"
        return_dict["error_msg"] = str(e)
        return return_dict

    server_dict = {}

    cimcs = sw.getlist("CIMC*.tar.gz")
    if not cimcs:
        return_dict["return_code"] = "NO_CIMCS"
        return_dict["keys_list"] = str(sw.getlist("*"))
        return return_dict

    for cimc in cimcs:
        if not isinstance(cimc, CIMCTechSupportFile): continue
        cimc_id = cimc.number
        server_dict[cimc_id] = {}

        # Get MRC file
        try:
            mrc = cimc["*MrcOut.txt"]
        except KeyError:
            server_dict[cimc_id]["response_code"] = "NO_MRC"
            continue
        # see if our end of file marker is there, should look like:
        # --- END OF FILE (Done!
        whole_mrc = mrc.read().splitlines()
        last_10 = whole_mrc[-10:]

        eof_line = [l for l in last_10 if b"END OF FILE" in l]
        server_dict[cimc_id]["response_code"] = "EOF_FOUND" if eof_line else "EOF_MISSING"

        if eof_line:
            continue

        # get DIMM types
        hit_inventory_line = False
        dimm_info = []
        dimm_error_lines = []
        equals_count = 0
        for line in whole_mrc:
            # regex each line... sigh
            if b"DIMM Inventory" in line:
                hit_inventory_line = True

            if not hit_inventory_line:
                continue

            if hit_inventory_line and b"=========" in line:
                equals_count += 1
                if equals_count > 2:
                    break
                continue

            if equals_count < 2:
                continue

            # we're in the dimm section and not out of it yet
            line = str(line)
            reg = dimm_info_re.match(line)
            if not reg:
                #bad :/
                dimm_error_lines.append(line)
                continue
            dimm_info.append(reg.groupdict())

        server_dict[cimc_id]["dimm_info"] = dimm_info
        server_dict[cimc_id]["dimm_error_lines"] = dimm_error_lines

    return_dict["return_code"] = "COMPLETED"
    return_dict["server_dict"] = server_dict
    return return_dict

```

期货的生成方式如下:

futures = client.map(function_name, file_list)

在这种状态之后,我的目标是尝试恢复并让 dask 释放它分配的内存,这是我的努力:在取消期货之前:

  PID USER      PR  NI    VIRT    RES    SHR S %CPU %MEM     TIME+ COMMAND
21914 atoz      20   0 6257840 4.883g   2324 S  0.0 62.6 121:21.93 dask-scheduler

atoz@atoz-sched:~$ free -h
              total        used        free      shared  buff/cache   available
Mem:           7.8G        7.1G        248M        9.9M        415M        383M
Swap:          8.0G        4.3G        3.7G

在取消期货时:

  PID USER      PR  NI    VIRT    RES    SHR S %CPU %MEM     TIME+ COMMAND
21914 atoz      20   0 6258864 5.261g   5144 R 60.0 67.5 122:16.38 dask-scheduler

atoz@atoz-sched:~$ free -h
              total        used        free      shared  buff/cache   available
Mem:           7.8G        7.5G        176M        9.4M        126M         83M
Swap:          8.0G        4.1G        3.9G

取消期货后:

PID USER      PR  NI    VIRT    RES    SHR S %CPU %MEM     TIME+ COMMAND
21914 atoz      20   0 6243760 5.217g   4920 S  0.0 66.9 123:13.80 dask-scheduler

atoz@atoz-sched:~$ free -h
              total        used        free      shared  buff/cache   available
Mem:           7.8G        7.5G        186M        9.4M        132M         96M
Swap:          8.0G        4.1G        3.9G

做了一个 client.restart() 之后

  PID USER      PR  NI    VIRT    RES    SHR S %CPU %MEM     TIME+ COMMAND
21914 atoz      20   0 6177424 5.228g   4912 S  2.7 67.1 123:20.04 dask-scheduler

atoz@atoz-sched:~$ free -h
              total        used        free      shared  buff/cache   available
Mem:           7.8G        7.5G        196M        9.4M        136M        107M
Swap:          8.0G        4.0G        4.0G

不管我在分布式系统中运行什么,我的期望是在取消期货之后它至少会恢复到接近正常水平......并且在执行 client.restart() 之后,我们肯定会接近我们的正常基线。我在这里错了吗?

--- 第二次重现 ---- 使用以下步骤重现了行为(尽管不是完全内存耗尽):

这是我的工人功能

def get_fault_list_v2(file_dict):
    import libarchive
    return_dict = file_dict
    filename = "{file_path}{file_sha1}/{file_name}".format(**file_dict)
    with libarchive.file_reader(filename) as arc:
        for e in arc:
            pn = e.pathname
    return return_dict

我在 68617 次迭代/文件中运行它

在运行之前,我们看到使用了这么多内存:PID USER PR NI VIRT RES SHR S %CPU %MEM TIME+ COMMAND 12256 atoz 20 0 1345848 1.107g 7972 S 1.7 14.2 47:15.24 dask-scheduler

atoz@atoz-sched:~$ free -h
              total        used        free      shared  buff/cache   available
Mem:           7.8G        3.1G        162M         22M        4.5G        4.3G
Swap:          8.0G        3.8G        4.2G

运行后我们看到了这么多:

  PID USER      PR  NI    VIRT    RES    SHR S %CPU %MEM     TIME+ COMMAND
12256 atoz      20   0 2461004 2.133g   8024 S  1.3 27.4  66:41.46 dask-scheduler

执行完 client.restart 后,我​​们看到:

  PID USER      PR  NI    VIRT    RES    SHR S %CPU %MEM     TIME+ COMMAND
12256 atoz      20   0 2462756 2.134g   8144 S  6.6 27.4  66:42.61 dask-scheduler
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1 回答 1

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一般来说,一个任务在调度器上占用的空间应该少于一千字节。有一些事情你可以在这个结果上存储更多,其中最常见的是将数据包含在任务图中,如下所示。

直接包含在任务图中的数据存储在调度程序中。这通常发生在直接在提交等调用中使用大数据时:

坏的

x = np.random.random(1000000)  # some large array
future = client.submit(np.add, 1, x)  # x gets sent along with the task

好的

x = np.random.random(1000000)  # some large array
x = client.scatter(x)  # scatter data explicitly to worker, get future back
future = client.submit(np.add, 1, x)  # only send along the future

使用其他 API 也存在同样的原则。有关更多信息,我建议提供一个mcve。否则很难提供帮助。

于 2017-08-24T21:35:26.767 回答