stack-overflow - 旨在分析 fastq 文件格式的纳米孔工具？

Question

我刚收到我的第一个纳米孔数据集，并收到了一个 fastq 文件。我期待一个 fast5 文件，现在我不确定如何开始过滤数据。我遇到的大多数工具（NanoOK、poretools）都处理 fast5 格式，虽然它们都提供了从 fast5 转换为 fastq 的方法，但它们的工具只接受 fast5 输入。

当我尝试使用 fastq_quality_filter 时，出现堆栈粉碎错误...

Answer 1

通常 Nanopore 数据分析的第一步是从 fast5 转换为 fastq，因此它们实际上为您节省了工作量。可以在软件中使用 fastq 进行进一步分析，poretools例如Porechop或poRe. 您的错误fastq_quality_filter可能有其他原因。